Prism 9.1.0 リリースノート・サマリー

詳細については、こちらをご覧ください。

Prism Academyのご紹介！

Prism Academyは、GraphPad社のオンラインによる統計とデータ可視化の学習センターです。高度な技術の専門家による125本以上のビデオと数時間分学習資料が、研究者のための主要な生物統計リソースであるIntuitive Biostatisticsへの無料アクセスが含まれています。

Prismが提供する分析のすべてを調べます

Prism 9.1.0では、新しく分析/Analyzeメニューが導入されました。分析メニューは以下の6つの主要なカテゴリーに編成されており、必要な分析をより簡単に見つけることができます。

• データ加工
• データ調査とサマリー
• 回帰と曲線
• 群の比較
• 生存分析
• シミュレーション

さらに、このメニューには、頻繁に行う検定への素早いアクセスのために、7つの直近で使用された分析のリストが含まれます。このメニューを使用して、「データ分析」［Analyze Data］ダイアログに素早くアクセスできます。

Mac版Prismでは、このリストは完全に検索可能です。単純にHelpメニューを開き分析の名称をタイプすると、一致した分析の全てが表示されます。

主成分分析機能のさらなる改善

主成分分析 (PCA) の主な目的は 次元削減, であり、PCAの結果に、分析に使用された変数の数よりも少ない数の主成分が含まれていることはそれほど驚くとではありません。しかし、分析で選択されたのがたった1つの主成分のときのPrismが出力するグラフです。このとき、Prismは負荷量プロット/Loading plot、スコアプロット/Score plot、あるいはバイプロット/Biplotのグラフで何かしらの意味のある結果を生成できません。

以前のPrismバージョンによるスコア/Scoresプロット

実際のところ、 平行分析/Parallel analysis のような主成分の選択のための自動的な手法の1つを使用するとき、一つの主成分だけが選択されたことを示す結果は極めて有益である場合があります。Prism 9.1.0では、正確にこれらの結果を反映するために、グラフ出力を更新しました。

Prism 9.1.0によるスコア/Scoresプロット

同じ主成分がX軸とY軸で使用されるので、データは直線の対角線に沿った配置となります。しかし、スコアプロットに表示されるデータグループのパターン、負荷量プロットに表示される元の変数どのような関係があるかなどの同じ情報を利用できます。

Prism 9.1.0 リリースノート その他

新機能

• 3つのアクセス方法によるPrism Academyの統合
  • ようこそ/Welcome ダイアログのメニューパネルボタン
  • ツールバーのヘルプ/Helpセクションのボタン
  • ヘルプ/Help メニューの項目として
• 新しい分析/Analyzeメインメニュー（macOSでシステム検索機能を使用して検索可能）
• 主成分分析は、一つの選択された主成分でグラフを作成します（XY軸で同じ成分）。
• ソフト全体で、たくさんの警告について”今後このメッセージを表示しない/Do not show this message again” チェックボックスが組み込まれました。
  • Prismの設定/preferencesの表示/Viewタブで、表示されなくなった警告を再表示させるためのオプションが追加さました。

機能改善

• Bland-Altman 分析結果をグラフにするときに、一致の上限と下限の95％を自動的にプロットするようになりました。
• ヒートマップグラフの”「グラフフォーマット」[Format Graph]”ダイアログの”Other values” オプションに”Include in legend” チェックボックスが追加され、グラフの凡例の”Other values”セクションをオンオフできるようにしました。
• (Win) バージョン情報/About Prismダイアログに、Prismバージョン、シリアル番号、をコピーするボタンが追加されました。
• 設定/preferencesで、チェックボックスの名称が”エラーバーの消失などに関するグラフアラートを表示します。/Show graph alerts about missing error bars, etc.”から”Show graph warnings (gray notes)”に変更されました。
• (Win) ギャラリーやナビゲーターで複数のシートが選択された時の”分析/Analyze”ツールバーボタンの挙動を改善しました。
• (Win) データセットが壊れたテーブルを参照する壊れたファイルを開こうとするとしたとき、自動復旧機能が改善されPrismがクラッシュしないようになりました。
• (Mac) “Delete” キーを使用してナビゲーターからすべてのシートを削除できるようになりました。

その他：これまで見つかった分析/グラフ/その他のバグの修正

以上

GraphPad Prismで、フリーズやハングアップなどの重度の障害が発生した場合、GraphPad社で下人を調査するために、詳細ログファイルが必要となります。

[Windows版 Prism 8]

Prism起動後、「編集」[Edit] メニューから 「設定」[Preferences]を選択します。
次に開いた「設定」[Preferences] ダイアログで、「サービス」[Services]タブを選択し以下のようにチェック入れます。
次に「フォルダを開く」[Open this folder]をクリックし、ログファイル Prism 8 log.txt が保存されているフォルダを開きます。ここで一旦Prismを終了します。

この後、Prismを再度起動し現象が出るまで操作を行い、問題が生じた時点で、Prismを強制終了させ、先ほど開いておいたフォルダ内の Prism 8 log.txt を他の場所に移動し、MDF サポートまで送付してください。

[Mac版 Prism 8]

Prsim 起動後、上部の”Prism”メニュー内の”Preferences” を選択し、開いたダイアログで、”Services”タブを選択し以下のようにチェック入れます。次に”Show in Folder”をクリックし、ログファイル Prism 8 log.txt が保存されているフォルダを開きます。ここで一旦Prismを終了します。

この後、Prismを再度起動し現象が出るまで操作を行い、問題が生じた時点で、Prismを強制終了させ、先ほど開いておいたフォルダ内の Prism 8 log.txt を他の場所に移動し、MDF サポートまで送付してください。

以上

初めに
GraphPad Prismで不具合が生じた場合、Prism プログラムの再インストールが有効な場合があります。 基本的にはPrism プログラム自体のアンインストール後に再インストールを行うことで十分ですが、場合によっては、アクティベーション情報が含まれるライセンスファイルも削除する必要があります。

以下に作業方法を記載しますが、作業に当たっては、PCとOSについての十分な知識を持った方が行ってください。

Prismライセンスファイルを一旦削除した後では、再度正規ライセンスの登録(ライセンス番号とアクティベーションコードの入力)が必要となります。
※アクティベーションコードは再取得する必要はありません。既に取得されているコードが使用できます。また、再度そのPCでアクティベーションコードの取得を行っても以前と同じコードが返信され、新規アクティベーションにはカウントされません。

• ライセンスファイルの削除  (MAC)

Prism 8, 9 のライセンスファイル：prism-license.qxt を削除します。

ライセンスファイルを削除するには、コンピュータに管理者権限でログインしている必要があります。OS Xでは、ファイルは隠されているので、隠しファイルを表示するためにファイル設定を変える必要があります。

ライセンスファイルを削除するには、以下でリストアップされる2つの方法があります。一つの方法では、コマンドプロンプトを使う必要があり、もう一つ方法では、隠しファイル設定を変える必要があります。

手法 1：ターミナルの使用 (Macに詳しい方のみ)
※ ターミナルが何であるか分からない人は、自分で行わないでください。

ライセンスファイルを削除するには、次のコマンドを使用します。

※システムの現在のユーザーアカウントに対してのみPrismがアクティブになっている場合：
rm ~/Library/Application\ Support/GraphPad/Prism/prism-license.qxt

※Macでの全ログインユーザーに対しPrismがアクティブになっている場合：
rm “/Library/Application Support/GraphPad/Prism/prism-license.qxt”

手法 2： 手動でシリアル番号ファイルを削除する

ユーザーライブラリ フォルダ： ~/ライブラリ/Application Support/GraphPad/Prism/
システムライブラリ フォルダ： /ライブラリ/Application Support/GraphPad/Prism/
※これらのフォルダは通常非表示なので、ファインダでは表示されません。

上記のフォルダを開くには、Finderに移動し、Finder内の[移動]メニューをクリックして[フォルダに移動]を選択します。次に表示されるダイアログで、上記されているものの、開きたいフォルダのパスと名称を入力します。
次に、ライセンスファイル（prism-license.qxt）を見つけて、ゴミ箱にドラッグします。

• ライセンスファイルの削除  (Windows)

Prism 8, 9 のライセンスファイル：prism-license.qxt を削除します。

Windows 7/8/10でライセンスファイル次の場所に格納されています：
C:\ProgramData\GraphPad Software\Prism\

Prism トライアル用シリアル番号を使用している場合、トライアル期限途中で正規ライセンスを設定しようとすると、正規ライセンスのシリアル番号でのアクティベーションコードを入力したにもかかわらず、トライアル期限が表示されることがあります。

この問題は、GraphPad Prism自体を再インストールしても解消されません。原因は、PC内に設定されたGraphPad Prismライセンスファイルにトライアルライセンスの情報が残されていることにあります。

問題を解消するには、Prismライセンスファイルを一旦削除し、再度正規ライセンスの登録(ライセンス番号とアクティベーションコードの入力)が必要となります。
※アクティベーションコードは再取得する必要はありません。既に取得されているコードが使用できます。

ライセンスファイルを削除する方法 (MAC)

Prism 8 ライセンスファイル：prism-license.qxt

ライセンスファイルを削除するには、コンピュータに管理者権限でログインしている必要があります。OS Xでは、ファイルは隠されているので、隠しファイルを表示するためにファイル設定を変える必要があります。

ライセンスファイルを削除するには、以下でリストアップされる2つの方法があります。一つの方法では、コマンドプロンプトを使う必要があり、もう一つ方法では、隠しファイル設定を変える必要があります。

手法 1：ターミナルの使用 (Macに詳しい方のみ)
※ ターミナルが何であるか分からない人は、自分で行わないでください。

ライセンスファイルを削除するには、次のコマンドを使用します。

※システムの現在のユーザーアカウントに対してのみPrismがアクティブになっている場合：
rm ~/Library/Application\ Support/GraphPad/Prism/prism-license.qxt

※Macでの全ログインユーザーに対しPrismがアクティブになっている場合：
rm “/Library/Application Support/GraphPad/Prism/prism-license.qxt”

手法 2： 手動でシリアル番号ファイルを削除

ユーザーライブラリ フォルダ： ~/ライブラリ/Application Support/GraphPad/Prism/
システムライブラリ フォルダ： /ライブラリ/Application Support/GraphPad/Prism/
※これらのフォルダは通常非表示なので、ファインダでは表示されません。

上記のフォルダを開くには、Finderに移動し、Finder内の[移動]メニューをクリックして[フォルダに移動]を選択します。次に表示されるダイアログで、上記されているものの、開きたいフォルダのパスと名称を入力します。
次に、ライセンスファイル（prism-license.qxt）を見つけて、ゴミ箱にドラッグします。

シリアル番号ファイルを削除する方法 (Windows)

Prism のライセンスファイル：prism-license.qxt

Prismライセンスファイルを一旦削除した後、再度正規ライセンスの登録(ライセンス番号とアクティベーションコードの入力)が必要となります。
※アクティベーションコードは再取得する必要はありません。既に取得されているコードが使用できます。

Windows 7/8/10でライセンスファイル次の場所に格納されています：
C:\ProgramData\GraphPad Software\Prism\

Prism 8.4.0は、2020年3月4日 (米国時間) にリリースされました。

• Prism 8.4.0で追加された新機能
  • バイオリンプロットを作成するとき、完全な（尖頭の）バイオリンプロットか、あるいは、入力されたデータの最大値/最小値を切り詰めた（平頭な）バイオリンプロットかを選択します。
  • カラーマップ “ヴィリディス/Viridis”、”マグマ/Magma”、”インフェルノ/Inferno”、”プラズマ/Plasma”が ヒートマップと「グラフ形式の変更」[Change Graph Type]ダイアログ、「新しいグラフを作成」[Create New Graph]ダイアログでのでのプリセットとして使用可能となり、また ヒートマップでの「グラフフォーマット」[Format Graph]ダイアログのカラーマップのドロップダウンとしても使用可能になりました。
  • ヒートマップのデフォルトのカラーマップは、以前は”レインボー/Rainbow”でしたが、”ヴィリディス/Viridis” に変更されました。
  • カラーマップ ”マグマ/Magma”、”インフェルノ/Inferno”、”プラズマ/Plasma”、”ヴィリディス/Viridis” を適用した 4つの新しい配色。

• Prism 8.4.0での機能改善/変更
  • 単純ロジスティック回帰で、Y=50に於けるXの信頼区間が追加されました。
  • 単純ロジスティック回帰と多重ロジスティック回帰によるロジスティック曲線に信頼帯が追加されました。
  • 「新しいグラフを作成」[Create New Graph]と「グラフ形式の変更」[Change Graph Type]に於けるヒートマップアイコンの外観が改善されました。
  • 対応のない繰り返し測定デザインで、主効果について”球面性を仮定しない”オプションが選択されるときのいくつかの多重比較検定が使用できなくなりました。 この変更についての詳細
  • 2-way ANOVA 分析の多重比較タブによる結果はブランクとなり、次のフローティングメモが表示されます。”この分析は、Prismの古いバージョンで実行されました。この仮説と多重比較のこの組合せは、誤解を招くものであったため、今後は利用できません。 詳細。”
  • すべての種類のテーブル（以前はXYのみ）で、基準化の後にグラフを作成できるようにし、「基準化」[Normalize]分析ダイアログを改善しました。
  • Kaplan-Meier 生存分析グラフの、デフォルトＹ軸ラベルを改善しました。以前は、Y軸タイトルは”生存率/Percent survival”でしたが、”生存率/Probability of Survival”となりました。
  • 等式に組み込まれた”2フェーズ”指数関数式の解析的表現が追加されました。
  • 度数分布分析のパラメータ・ダイアログを改善しました。
  • 「パラメータ: t 検定 (およびノンパラメトリック検定)」[パラメータ: t 検定 (およびノンパラメトリック検定)]ダイアログの「オプション」[Options]タブでの”「Wilcoxon: 行の両方の値が等しいとき、Prattの手法を使う」[Wilcoxon: When both values on a row are identical, use method of Pratt]”チェックボックスのテキストを言い換えました。
  • ネストｔ検定ダイアログの「分析」[Analysis]タブでの”「差の出力：」[Report differences as:]”についてのデフォルトオプションを、”列A – 列B”から”列B – 列A”に変更しました。
  • 「グループプロット」[Grouped]データテーブルでのデフォルトのグラフを棒グラフから散布図に変更しました。
  • Prism 8.4に、今後のバージョンは64-bit OSのみしかサポートしないことを警告するアラートが追加されました。32-bit Windows システムのPrismが起動するときだけ、このアラートは表示されます。
    今後のバージョンは、64-bit Windows のみでしか使用できません。

• Prism 8.4.0でのパフォーマンス（速度）の改善
  • 数千のデータポイントを持つ大規模プロジェクトを開くときのパフォーマンスの向上。
  • 1つのグラフに数十万のデータポイントを含むプロジェクトを開くときのパフォーマンスの向上。

• Prism 8.4.0での分析機能バグフィックス
  • 3-way ANOVA結果シートの「平均値」[Means]タブでの、不適当な要因名称を修正しました。
  • Prism 8 での”O vs. E” 二項式検定でのP値がPrism 7でのそれと違っていた問題が修正されました。
  • Kruskal-Wallis 検定の計算をキャンセルすると、Prismがクラッシュする問題を修正しました。
  • 最初のデータセットがソースデータテーブルから除外された場合、すべてのデータセットが「基準化」[Normalize]の結果シートから消える問題を修正。
  • グループ変数が定義された場合、「抽出と再構成」[Extract and Rearrange]分析の結果で列や行の順序が正しくない問題を修正。
  • ソースデータテーブルでデータが削除/除外された後でも、「単純ロジスティック回帰」[“Simple Logistic Regression]分析定数が「定数の設定」[Hook Constant]ダイアログで表示される問題を修正。
  • 「多重ロジスティック回帰」[Multiple Logistic Regression]および「単純ロジスティック回帰」[Simple Logistic Regression]分析のオンラインヘルプ（フローティングノート、ダイアログ、および解釈ツールバーボタンの「ヘルプ」[Learn more]リンク）へのリンクを修正。
  • 非線形回帰分析の”「”不安定な” パラメータを特定する。」[Identify “unstable” parameters.]” オプションの注意でのヘルプのリンクを修正。
  • 誤った組み込まれたモデル式 ”EC50シフト Xは濃度/EC50 shift, X is concentration” を修正。

リリースノート詳細については、こちらをご参照ください。
Prism 8.4.0 Release Notes

Prism 8.3.0は 2019年10月29日（米国時間）リリースされました。

• ロジスティック回帰の導入が行われました

単純ロジスティック回帰(Simple Logistic Regression)と多重ロジスティック回帰(Multiple Logistic Regression)が、Prism 8.3.0で利用可能になりました。

• 単純ロジスティック回帰 (Simple Logistic Regression)

Prismでの単純ロジスティック回帰の実行方法についてのチュートリアル

• 多重ロジスティック回帰 (Multiple Logistic Regression)

Prismでの多重ロジスティック回帰の実行方法についてのチュートリアル

その他の新機能や改善

• 新機能
  • XYデータテーブルによる単純ロジスティック回帰の実装
  • 多変量/Multiple variablesデータテーブルによる多重ロジスティック回帰の実装

• 機能改善
  • 1-way ANOVA (及び、ノンパラメトリック、または混合モデル)/’One-way ANOVA (and nonparametric or mixed)で、データの不一致に関するアラートを追加。
  • ‘線形回帰/’Linear regression’分析の名称を、’単回帰/’Simple linear regression’ に変更。
  • 多項式関数の分析表現(5次、6次、および10次)の追加。
  • Prismファイルの自動復旧の改善。

• パフォーマンス（速度）の改善
  • Gaddum-Schild方程式を使用する非線形回帰のパフォーマンスの改善
  • (Windows) 膨大な数の行を含むデータセットのコピー＆ペーストのパフォーマンスの改善
  • (Windows) TXTデータのインポートのパフォーマンスを改善
  • (Windows) 結果付きデータ/Data+resultsシートのギャラリー表示でのサムネイル選択のパフォーマンスを改善
  • (Mac) ようこそ/Welcomeダイアログで、最初に’「ファイルを開く」[Open a File]’タブに切替えるときのパフォーマンスを改善
  • (Mac) 大きいプロジェクトでのナビゲーターのパフォーマンスの向上

• バグフィックス
  • Prism 8..2.1迄に見つかったバグの修正が行われました。

リリースノート詳細については、こちらをご参照ください。

Prism 8.3.0 Release Notes