0135 Prism8で利用できる統計解析機能にはどのようなものがありますか?

GraphPad Prism 8 での統計解析機能は下記の通りです。赤太字のものが新機能となります。


XY分析

  • 線形回帰
  • 非線形回帰
  • 3次スプライン&LOWESS曲線
  • スムージング曲線
  • 曲線下面積(Area Under Curve)
  • デミング(Deming)回帰分析
  • Row means with SD or SEM
  • 相関分析
  • 標準曲線の内挿
  • 非線形回帰と多重回帰の両方でポアソン残差の予測を指定できるようになりました。
  • Pade(1,1)の近似式、成長方程式、線形二次方程式、ヒンジ関数
  • 外れ値の削除を選択した場合、外れ値のない”クリーンな”データを含む結果テーブルを作成することができます。

カラム分析

  • t検定
    • 対応のないt検定
      ・マンホイットニー(Mann-Whitney)検定
      ・ コルモゴロフ-スミルノフ
      (Kolmogorov-Smirnov)検定
    • 対応のある t検定
      ・ウィルコクソン符号順位(Wilcoxon) 検定
      ・比率によるt検定
    • 平均値間の差についての信頼区間のプロットが可能になりました。
  • 一元配置分散分析(One-Way ANOVA)
    • ボンフェローニ(Bonferroni)検定
    • ダン(Dunns)検定
    • ダネット(Dunnett)検定
    • フリードマン(Friedman)検定
    • ホルム-シダック(Holm-Sidak)検定
    • クルスカルウォリス(Kruskal-Wallis) 検定
    • ニューマン-クールズ(Newman-Keuls)検定
    • テューキー(Tukey)検定
    • バートレット(Bartlette)検定
    • ブラウン-フォーサイス
      (Browne-Forsythe) 検定
  • ROC曲線
  • ブランド-アルトマン(Bland-Altman)検定
  • 相関

生存分析

  • カプランマイヤー(Kaplan-Meier) 法
  • ログランク(Log-rank)検定
  • ウィルコクソン(Gehan-Wilcoxon)検定

グループ分析

  • 二元配置分散分析(Two-way ANOVA)
    • 欠測値を持つ繰り返し測定データの取り扱いが可能になりました。
    • 複合効果モデルをフィットすることにより繰返し測定データを分析が可能になりました
    • Geisser-Greenhouse補正が可能になりました。
  • 三元配置分散分析(Three-way ANOVA)
    •  繰返し測定3-way ANOVAが可能になりました。
    • Geisser-Greenhouse補正が可能になりました。
    • ボンフェローニ(Bonferroni)検定
    • フィッシャー(Fisher) の最小有意差検定
    • ホルム-シダック(Holm-Sidak)検定
    • ニューマン-クールズ(Newman-Keuls)検定
    • テューキー(Tukey)検定
  • 多重t検定
    • 多重t検定分析で、自動的にvolcano プロット(差 vs. P 値)を作成します。

分割表分析

  • フィッシャー(Fisher) の正確確率検定
  • カイ二乗(Chi-Sqare)検定
    • アーミテージ-コクラン(Armitage-Cochrange)検定

重回帰

  • Prism 8は、多変量のための新しい種類のデータテーブルを提供します。
  • 多重線形回帰

ネストt検定とネスト1-way ANOVA

  • Prism 8では、ネストデータのための新しい種類のデータテーブルが提供されました。

その他

  • 列の統計
    • コルモゴロフ-スミルノフ(Kolmogorov-Smirnov)検定
    • ダゴスティーノ・パーソン(D’Agostino-Pearson)検定
    • シャピロ-ウィルク(Shapiro-Wilk)検定
  • モンテカルロ分析
  • 正規性検定で、Anderson-Darling 検定が追加されました。
  • 対数正規性の検定が可能になりました。
  • 正規性検定の一部としてQQプロットの作成が可能なりました。
  • ほとんどの分析で残差プロットが標準で作成可能になりました。

利用できない統計・解析

GraphPad Prismでは次の統計解析機能を備えておりません.

•多変量解析:多変量解析に関しては、「FAQ0018 Prismで多変量解析はできるのでしょうか?」をご参照下さい。
•ハザード回帰
•ロジスティック回帰
•因子分析
•クラスター分析
•メタ分析
•多変量分散分析(MANOVA)Cochran-Mantel Haenszel検定
• Cochran-Mantel Haenszel検定
•共分散(ANCOVA):2つの線形回帰直線の勾配と切片を比較することは可能です。
•ヨンクヒール-タプストラ(Jonckheere-Terpstra)検定
•スティール-ドゥワス(Steel-Dwass)検定:Prismでノンパラメトリック検定の多重比較をする場合、Dunn検定を用いることが可能です。
•スティール(Steel)検定:Prismでノンパラメトリック検定の多重比較をする場合、Dunn検定を用いることが可能です。
•マクネマー(McNemar)検定:GraphPad Software社が提供するQuickCalcsで行なうことが可能です。

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0134 Mac版Prism 6でのログファイルの作成方法

Mac版Prism 6では、次の手順でログファイルを取得可能です。

ログファイルには起動した後のステップも記録されるため、Prismのクラッシュやフリーズの原因の診断の手助けにもなります。
Mac版Prism 6.0c以降では、Prism起動した後でもログ取りが続けられるため、動作が遅くなる原因となっています。そのため、ログファイルの記録がもう必要でないときは、必ずログの記録をオフにしましょう。

• 以下の内容でテキストファイル名称StartupConfig.xmlを作成します。
※すでに、StartupConfig.xmlが存在している場合は、最後に追加してください。

sculi

• ファイルをPrism 6.appと同じ場所に置いてください。
• Prismを起動します
• ログファイルは、~/Library/Logs/GraphPad/Prism6.logで作成されます。

注意: これは、ユーザープロファイルにあるライブラリフォルダです。 rootの下にも似たような名称のライブラリフォルダ(GraphPadフォルダを含みません)がありますから間違えないようにしてください。
※ ユーザープロファイルにあるライブラリフォルダはデフォルトでは隠しフォルダとなっていますので、ご注意ください。

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0133 Windows版 Prism 6での起動/動作ログファイル取得方法

Windows版 Prism 6では、次の手順でログファイルを取得可能です。

ログファイルには起動した後のステップも記録されるため、Prismのクラッシュやフリーズの原因の診断の手助けにもなります。
Prism 6では、起動した後でも記録を続けると動作が遅くなります。そのため、ログファイルがもう必要でないときは、必ずログの記録をオフにしましょう。

1. デスクトップあるいはスタートメニューで、Prismショートカットを右クリックし、プロパティを選択します。
2. 以下のように「リンク先:」コマンドラインの後ろに、コーテーションなしで ”/L” を追加します:

"C:\program files (x86)\graphpad\prism 6" /L
環境によっては、
“C:\program files\graphpad\prism 6” /L

注意:
• パスはコーテーションで囲まれていますが、/Lの廻りにはコーテーションを付けないでください。
• コーテーションとスラッシュの間には、スペースを入れます。
• パスは実際にprsim.exeがインストールされているパスで、Windowsが32bit版か64bit版か、そしてどのようにPrismがインストールされたかによって異なります。 “x86″が含まれる上の行は64bit版Windowsでの例で、下の行は32bit版Windowsの例です。

1. プロパティを閉じて、Prismを起動します。可能であれば、ようこそ/Welcomeダイアログをとばして、新しいデータテーブルを作成してください。たとえ、ようこそ/Welcomeダイアログがまったく表示されなくても、ログファイルは有用です。
2. Prismを終了します。
3. 弊社サポート(tech@mdf-soft.com) までシリアル番号を明記の上、ログファイルをメールしてください。

ログファイルの保存される場所と名前は、Prismのどのバージョンを使っているかで異なります:
• Prism 6のログファイルは、「Prism 6 log.txt」という名前で、デスクトップに作成されます。
• Prism 5のログファイルは、「Prism 5 startup log.txt」という名前で、デスクトップに作成されます。
• Prism 4のログファイルは、pz4log.logという名前で、Prismのプログラムフォルダの中に作成されます。

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0130 GraphPad Prism 使用PCの変更での注意

GraphPad Prism をこれまで使用してPCから他のPCへ変更/移設する場合は以下の事前準備が必要となります。

GraphPad Prism 5 (5.04/5.0d, fのみ)以降のバージョンでは、事前にこれまでPrismを使用していたPCでのアクティベーションの解除を行う必要があります

解除はGraphPad社(support@graphpad.com)に申請する必要があります。申請の際には、解除したいアクティベーションコード取得を行った方の英語氏名とmachine IDが必要となります。

machine IDは、アクティベーションコードを取得した際にGraphPad社から送信されてきたメールの中に記載があります。あるいは、Help/Prism メニューからAbout Prismを選択すると、表示されたダイアログの中ほどに表示されます。

申請はユーザー自身でも可能ですが、弊社ユーザーの方であれば、弊社サイトから申し込みいただければ代行申請いたします。

GraphPad Prism 6をご利用の方はご注意ください:
Prism 6.0, 6.01, 6.02, 6.03, 6.04, 6.05/6.0a, 6.0b, 6.0c, 6.0d, 6.0e, 6.0f のバージョン (日本語化版を含む)をご利用中の方は、PCの変更/移設の前にこれまで使用していたPCのPrism 6 をPrism 6.07/6.0h (Prism 6 最終版)にアップデートする必要があります。アップデートが確認されない場合アクティベーション解除は行われません。

注意:Windows 版 Prism 6 と日本語化アドオンキットをご利用の方は、日本語化アドオン自体のアップデートも必要となります。
アップデート方法については、弊社サポートまでお問い合わせください

GraphPad社でのアクティベーションの解除作業終了の連絡がありましたら、新しいPCへPrism をインストールしてください。

また、新しいPCでのアクティベーションについては、こちらもご参考ください。

以上

 

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0132 Mac版 GraphPad Prism 7.0dでの修正点

日本時間 2017年 12月7日リリースされた GraphPad Prism 7.0d では以下の修正が行われました。

修正された分析機能の問題

  • 非線形回帰に続く等分散性検定の、結果出力での問題を修正。
  • 入力テーブルでX値が級数のとき、線形回帰は非常に遅かった問題を修正。
  •  Kruskal Wallis検定で、稀に生じるクラッシュを修正。
  • 曲線下面積(AUC)の結果は、データが平均、sd / sem / cvおよびnとして入力されたときの問題を修正。
  • OSX 10.7でのHougaards歪度 (非線形回帰の一部) の出力の問題を修正。

その他の修正された問題

  • MacOS High SierraでPrismを使用すると、グラフやレイアウトをエクスポートするときにオプションを設定できませんでした。
  • Magicの後、グラフにアクセスすると、New Graphダイアログがポップアップすることがありました。
  • シート、列、行のタイトルに次の文字が含まれていると、Prismはクラッシュする可能性がありました:’%s’/ ‘%ls’/ ‘%S’
  • ヒートマップの凡例を削除した場合、グラフをレイアウトに配置すると削除された凡例が再び表示されることがありました。
  • ペースト(またはインポート)されたイメージは、アスペクト比を変更できました。
  • 一部のデータセットが分析から削除された場合、適合曲線の色がデータセットと一致しないことがありました。
  • Prismは、グラフを削除した後にクラッシュすることがありました。
  • 不透明度の設定はカラースキームで失われました。

以上

本日より、GraphPad社サイトよりダウンロードされるGraphPad Prism 7 インストールモジュールは、バージョン 7.0d用となります。

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