カテゴリー別アーカイブ: 未分類

0149 Prism 9.1.0 リリースノート (要約)

Prism 9.1.0 リリースノート・サマリー

詳細については、こちらをご覧ください

Prism Academyのご紹介!

Prism Academyは、GraphPad社のオンラインによる統計とデータ可視化の学習センターです。高度な技術の専門家による125本以上のビデオと数時間分学習資料が、研究者のための主要な生物統計リソースであるIntuitive Biostatisticsへの無料アクセスが含まれています。

Prismが提供する分析のすべてを調べます

Prism 9.1.0では、新しく分析/Analyzeメニューが導入されました。分析メニューは以下の6つの主要なカテゴリーに編成されており、必要な分析をより簡単に見つけることができます。

  • データ加工
  • データ調査とサマリー
  • 回帰と曲線
  • 群の比較
  • 生存分析
  • シミュレーション

さらに、このメニューには、頻繁に行う検定への素早いアクセスのために、7つの直近で使用された分析のリストが含まれます。このメニューを使用して、「データ分析」[Analyze Data]ダイアログに素早くアクセスできます。

Mac版Prismでは、このリストは完全に検索可能です。単純にHelpメニューを開き分析の名称をタイプすると、一致した分析の全てが表示されます。

主成分分析機能のさらなる改善

主成分分析 (PCA) の主な目的は 次元削減, であり、PCAの結果に、分析に使用された変数の数よりも少ない数の主成分が含まれていることはそれほど驚くとではありません。しかし、分析で選択されたのがたった1つの主成分のときのPrismが出力するグラフです。このとき、Prismは負荷量プロット/Loading plot、スコアプロット/Score plot、あるいはバイプロット/Biplotのグラフで何かしらの意味のある結果を生成できません。

以前のPrismバージョンによるスコア/Scoresプロット

実際のところ、 平行分析/Parallel analysis のような主成分の選択のための自動的な手法の1つを使用するとき、一つの主成分だけが選択されたことを示す結果は極めて有益である場合があります。Prism 9.1.0では、正確にこれらの結果を反映するために、グラフ出力を更新しました。

Prism 9.1.0によるスコア/Scoresプロット

同じ主成分がX軸とY軸で使用されるので、データは直線の対角線に沿った配置となります。しかし、スコアプロットに表示されるデータグループのパターン、負荷量プロットに表示される元の変数どのような関係があるかなどの同じ情報を利用できます。

 

Prism 9.1.0 リリースノート その他

新機能

  • 3つのアクセス方法によるPrism Academyの統合
    • ようこそ/Welcome ダイアログのメニューパネルボタン
    • ツールバーのヘルプ/Helpセクションのボタン
    • ヘルプ/Help メニューの項目として
  • 新しい分析/Analyzeメインメニュー(macOSでシステム検索機能を使用して検索可能)
  • 主成分分析は、一つの選択された主成分でグラフを作成します(XY軸で同じ成分)。
  • ソフト全体で、たくさんの警告について”今後このメッセージを表示しない/Do not show this message again” チェックボックスが組み込まれました。
    • Prismの設定/preferencesの表示/Viewタブで、表示されなくなった警告を再表示させるためのオプションが追加さました。

機能改善

  • Bland-Altman 分析結果をグラフにするときに、一致の上限と下限の95%を自動的にプロットするようになりました。
  • ヒートマップグラフの”「グラフフォーマット」[Format Graph]”ダイアログの”Other values” オプションに”Include in legend” チェックボックスが追加され、グラフの凡例の”Other values”セクションをオンオフできるようにしました。
  • (Win) バージョン情報/About Prismダイアログに、Prismバージョン、シリアル番号、をコピーするボタンが追加されました。
  • 設定/preferencesで、チェックボックスの名称が”エラーバーの消失などに関するグラフアラートを表示します。/Show graph alerts about missing error bars, etc.”から”Show graph warnings (gray notes)”に変更されました。
  • (Win) ギャラリーやナビゲーターで複数のシートが選択された時の”分析/Analyze”ツールバーボタンの挙動を改善しました。
  • (Win) データセットが壊れたテーブルを参照する壊れたファイルを開こうとするとしたとき、自動復旧機能が改善されPrismがクラッシュしないようになりました。
  • (Mac) “Delete” キーを使用してナビゲーターからすべてのシートを削除できるようになりました。

その他:これまで見つかった分析/グラフ/その他のバグの修正

以上

0135 Prism8で利用できる統計解析機能にはどのようなものがありますか?

GraphPad Prism9で利用可能な統計解析機能はこちら

GraphPad Prism 8 での統計解析機能は下記の通りです。赤太字のものが新機能となります。


XY分析

  • 線形回帰
  • 非線形回帰
  • 3次スプライン&LOWESS曲線
  • スムージング曲線
  • 曲線下面積(Area Under Curve)
  • デミング(Deming)回帰分析
  • Row means with SD or SEM
  • 相関分析
  • 標準曲線の内挿
  • 非線形回帰と多重回帰の両方でポアソン残差の予測を指定できるようになりました。
  • Pade(1,1)の近似式、成長方程式、線形二次方程式、ヒンジ関数
  • 外れ値の削除を選択した場合、外れ値のない”クリーンな”データを含む結果テーブルを作成することができます。

カラム分析

  • t検定
    • 対応のないt検定
      ・マンホイットニー(Mann-Whitney)検定
      ・ コルモゴロフ-スミルノフ
      (Kolmogorov-Smirnov)検定
    • 対応のある t検定
      ・ウィルコクソン符号順位(Wilcoxon) 検定
      ・比率によるt検定
    • 平均値間の差についての信頼区間のプロットが可能になりました。
  • 一元配置分散分析(One-Way ANOVA)
    • ボンフェローニ(Bonferroni)検定
    • ダン(Dunns)検定
    • ダネット(Dunnett)検定
    • フリードマン(Friedman)検定
    • ホルム-シダック(Holm-Sidak)検定
    • クルスカルウォリス(Kruskal-Wallis) 検定
    • ニューマン-クールズ(Newman-Keuls)検定
    • テューキー(Tukey)検定
    • バートレット(Bartlette)検定
    • ブラウン-フォーサイス
      (Browne-Forsythe) 検定
  • ROC曲線
  • ブランド-アルトマン(Bland-Altman)検定
  • 相関

生存分析

  • カプランマイヤー(Kaplan-Meier) 法
  • ログランク(Log-rank)検定
  • ウィルコクソン(Gehan-Wilcoxon)検定

グループ分析

  • 二元配置分散分析(Two-way ANOVA)
    • 欠測値を持つ繰り返し測定データの取り扱いが可能になりました。
    • 複合効果モデルをフィットすることにより繰返し測定データを分析が可能になりました
    • Geisser-Greenhouse補正が可能になりました。
  • 三元配置分散分析(Three-way ANOVA)
    •  繰返し測定3-way ANOVAが可能になりました。
    • Geisser-Greenhouse補正が可能になりました。
    • ボンフェローニ(Bonferroni)検定
    • フィッシャー(Fisher) の最小有意差検定
    • ホルム-シダック(Holm-Sidak)検定
    • ニューマン-クールズ(Newman-Keuls)検定
    • テューキー(Tukey)検定
  • 多重t検定
    • 多重t検定分析で、自動的にvolcano プロット(差 vs. P 値)を作成します。

分割表分析

  • フィッシャー(Fisher) の正確確率検定
  • カイ二乗(Chi-Sqare)検定
    • アーミテージ-コクラン(Armitage-Cochrange)検定

重回帰

  • Prism 8は、多変量のための新しい種類のデータテーブルを提供します。
  • 多重線形回帰

ネストt検定とネスト1-way ANOVA

  • Prism 8では、ネストデータのための新しい種類のデータテーブルが提供されました。

その他

  • 列の統計
    • コルモゴロフ-スミルノフ(Kolmogorov-Smirnov)検定
    • ダゴスティーノ・パーソン(D’Agostino-Pearson)検定
    • シャピロ-ウィルク(Shapiro-Wilk)検定
  • モンテカルロ分析
  • 正規性検定で、Anderson-Darling 検定が追加されました。
  • 対数正規性の検定が可能になりました。
  • 正規性検定の一部としてQQプロットの作成が可能なりました。
  • ほとんどの分析で残差プロットが標準で作成可能になりました。

利用できない統計・解析

GraphPad Prismでは次の統計解析機能を備えておりません.

•多変量解析:多変量解析に関しては、「FAQ0018 Prismで多変量解析はできるのでしょうか?」をご参照下さい。
•ハザード回帰
•ロジスティック回帰
•因子分析
•クラスター分析
•メタ分析
•多変量分散分析(MANOVA)Cochran-Mantel Haenszel検定
• Cochran-Mantel Haenszel検定
•共分散(ANCOVA):2つの線形回帰直線の勾配と切片を比較することは可能です。
•ヨンクヒール-タプストラ(Jonckheere-Terpstra)検定
•スティール-ドゥワス(Steel-Dwass)検定:Prismでノンパラメトリック検定の多重比較をする場合、Dunn検定を用いることが可能です。
•スティール(Steel)検定:Prismでノンパラメトリック検定の多重比較をする場合、Dunn検定を用いることが可能です。
•マクネマー(McNemar)検定:GraphPad Software社が提供するQuickCalcsで行なうことが可能です。

0130 GraphPad Prism 使用PCの変更での注意

GraphPad Prism をこれまで使用してPCから他のPCへ変更/移設する場合は以下の事前準備が必要となります。

GraphPad Prism 5 (5.04/5.0d, fのみ)以降のバージョンでは、事前にこれまでPrismを使用していたPCでのアクティベーションの解除を行う必要があります

解除はGraphPad社(support@graphpad.com)に申請する必要があります。申請の際には、解除したいアクティベーションコード取得を行った方の英語氏名とmachine IDが必要となります。

machine IDは、アクティベーションコードを取得した際にGraphPad社から送信されてきたメールの中に記載があります。あるいは、Help/Prism メニューからAbout Prismを選択すると、表示されたダイアログの中ほどに表示されます。

申請はユーザー自身でも可能ですが、弊社ユーザーの方であれば、弊社サイトから申し込みいただければ代行申請いたします。

GraphPad Prism 6をご利用の方はご注意ください:
Prism 6.0, 6.01, 6.02, 6.03, 6.04, 6.05/6.0a, 6.0b, 6.0c, 6.0d, 6.0e, 6.0f のバージョン (日本語化版を含む)をご利用中の方は、PCの変更/移設の前にこれまで使用していたPCのPrism 6 をPrism 6.07/6.0h (Prism 6 最終版)にアップデートする必要があります。アップデートが確認されない場合アクティベーション解除は行われません。

注意:Windows 版 Prism 6 と日本語化アドオンキットをご利用の方は、日本語化アドオン自体のアップデートも必要となります。
アップデート方法については、弊社サポートまでお問い合わせください

GraphPad社でのアクティベーションの解除作業終了の連絡がありましたら、新しいPCへPrism をインストールしてください。

また、新しいPCでのアクティベーションについては、こちらもご参考ください。

以上

 

0121 Prism 動作環境について (Updated 21/04/13)

動作確認はすべて各バージョンの最新版(例:Prism 8 = Prism 8.4.3)で行われております。

Windows 版

GraphPad Prism 9

Windows Vista, 7, 8,10 – 64bit版のみ (32bit版には対応していません

HD空き容量: 100MB
必要ディスプレイ解像度: 800 x 600以上
推奨 1280 x 1024 以上

必要メモリー容量
データサイズ:200~800万: 4GB
データサイズ:800万~1,600万:8GB
データサイズ:1,600万以上:16GB

GraphPad Prism 8

Windows 7、 Windows 8.1、Windows 10   32bit/64bit 版 での動作が確認されています。
※インストーラーは32bit版、64bit版別々に用意されます。

要求最低解像度:800 × 600
必要インストールスペース:100 Mb

GraphPad Prism 7

Windows 7、 Windows 8.1、Windows 10   32bit/64bit 版 での動作が確認されています。

GraphPad Prism 6

Windows 7、 Windows 8.1   32bit/64bit 版 での動作が確認されています。
Windows 10 32bit/64bit 版 では、pdf形式でのグラフのエクスポートで一部バグが確認されています。

注意:
Prism 6では、PCによってはマシンIDが突然変更されてしまう問題が確認されています。
回避方法/バージョンはありません。

GraphPad Prism 5

Windows XP、 Windows 7、 Windows 8 (除く、Windows 8 RT)、  32bit/64bit 版

Windows 10 については、動作対象外であり、GraphPad社 並びに弊社では動作確認は行っておりません。

Mac OSX 版

Prismの各バージョンのシステム条件は以下の通りです。

GraphPad Prism 9

Mac OSX 10.12 (Sierra)以降 – macOS Big Sur (11.0)
必要HD空き容量: 130MB
必要ディスプレイ解像度: 1024 x 768以上

※macOS Big Sur (11.0) は、Intel チップ/Apple Siliconの両方で動作確認されています。

GraphPad Prism 8

OS X 10.9 (Mavericks) 以降、macOS Catalina (10.15)まで動作が確認されています。
macOS Big Sur (11.0)ではいくつか不具合が確認されています。
OS X 10.8以前の環境では正式なテストは行われておらず動作保証されていません。
※MacOS 10.15でご利用の場合は、極力最新のPrism 8にバージョンアップしてください。
※macOS Big Sur (11.x) は、Intel チップ/Apple Siliconのどちらも、動作保証はされていません。

要求最低解像度:1024 × 768 pixels
必要インストールスペース:130 Mb

GraphPad Prism 7

Prism 7 (7.0e)は、OS X 10.9 (Mavericks) 以降 MacOS 10.13 (High Sierra) まで動作保障されています。

OS X 10.8以前の環境では正式なテストは行われておらず動作保証されていません。

MacOS 10.12 (Sierra)で確認されたPrism 6の問題は、Prism 7bで修正されました。

Mojave(MacOS 10.14)では、以下の様な問題が確認されています。

  • [描画ツールを選択]ドロップダウンからのオブジェクト描画に対してツールチップが表示されません。
  • ”Export”ダイアログを使用して、データテーブルを任意のファイル形式にエクスポートした後、ほとんどのアイコンがグレー表示されてしまいます。
  • 新しく追加された目盛りの名称が、 ‘Format Axes’ダイアログの ‘Additional ticks and grid lines’ の ‘Text’ 編集フィールドで淡色表示されます。
  • キーボードを使用してフォント名を入力すると、ツールバーのフォントドロップダウンメニューのフォント名が壊れてしまいます。
  • ヒートマップグラフから呼び出されるコンテキストメニューが正しくありません。

※Mac 版Prism 7 での今後の修正/対応はありません。

MacOS 10.13 (High Sierra) では、不具合が確認されています。Prism 7.0eにアップデートしてください。
詳細はこちらを参照ください

※MacOS 10.15 (Catalina) では、Prism 7のいずれのバージョンでも、起動はしますが正常な動作はしません。今後の修正/対応はありません。

GraphPad Prism 6

Prism 6h (Mac版 Prism 6最終版)は、OS X 10.11 El Capitan での動作が確認されています。
※Prism 6h 以前のバージョンでの動作保証はされません。

Mojave(MacOS 10.14)では、以下の様な問題が確認されています。

  • ナビゲータ内でシート(ページ)の名前を変更しようとすると、Prismはクラッシュします。この問題を回避するには、Edit … Rename sheetコマンドを使用してダイアログ内のシート名を編集してください。
  • ”Select a drawing tool”ドロップダウンからのオブジェクト描画でツールヒントが表示されません。
  • ”Export”ダイアログを使用して、データテーブルを任意のファイル形式にエクスポートした後、ほとんどのアイコンがグレー表示されてしまいます。
  • 新しく追加された目盛りの名称が、 ‘Format Axes’ダイアログの ‘Additional ticks and grid lines’ の ‘Text’ 編集フィールドで淡色表示されます。
  • キーボードを使用してフォント名を入力すると、ツールバーのフォントドロップダウンメニューのフォント名が壊れてしまいます。

※Mac 版Prism 6 での今後の修正/対応はありません。

MacOS 10.12 (Sierra) 以後のMacOSではPrism 6hは、グラフタイトル位置、グラフ上のオブジェクト配置に不具合が確認されています。

MacOS 10.13 (High Sierra) では正式なテストは行われていません。動作保証はありません。

GraphPad Prism 5

Prism 5f は、OSX 10.8 までサポートされますが、OSX 10.9以降のOSXはテストは行われておらず動作保証対象外となります。

Prism 5f 以前のPrism 5では、OSX 10.8 での動作保証はされていません。

 

 

以上

 

0114 緊急告知: Windows 10 上でのPrism 5 起動障害

これまでPrism 5をWindows 10環境で使用されている方で、2015年年末以降Prismを使用されていない方は、次回Prismを起動する際にPrism 5が起動できない場合があります。

昨年末にリリースされたMicroSoft社によるWindows 10 更新プログラム(KB3132372)が、原因であると推測されますが詳細は不明です。Prism 5以外でも、昨年末まで動作していて年始以降動作しないアプリがある模様です。

現状での回避策としては、更新プログラム(KB3132372)をアンインストールする以外はありません。

但し、KB3132372は、 Internet Explorer Flash Playerのセキュリティを更新するプログラムであり、このプログラムのアンインストールにより、セキュリティ上の不利益が発生する可能性もあります。

GraphPad社では、Prism 5は既に開発を終了しているバージョンであるため、この問題に対する対応は行う予定はありません。

この問題は、Windows 10でPrism 5をお使いの方のみに生じる問題であり、これ以外の組み合わせでPrismをお使いの方には影響ありません。

現在のPrism 6 (6.07)では、問題がないことは既に確認されております。

 

2016.01.06

以上

0105 Prism 6.05 カラム散布図で、重ね合せられる棒の色が変わってしまう

カラムプロットの作成において、Prismはすべてのデータで散布図だけでなく平均値や中央値、場合によってはエラーバーを描画します。

 

0105

 

Windows版 Prism 6.05ではバグのため、これらの棒/バーの色の維持ができません。次のリリースにおいてこのバグは解決されます。

バグ詳細:「フォーマットグラフ」[Format Graph]へダイアログを開くためにグラフをダブルクリックし、1つあるいは全部の棒の境界線の色を変更すると、グラフ上では変更は正常に行われたように見え、変更された色を確認できます。グラフをレイアウトに入れたりエクスポートしても、変更された色は正常ですが、グラフをコピー&ペーストしたり、「送る」[Send]ボタンでPowerPointやWordに送ったりすると、変更した色が変わってしまいます。更に、そのグラフのファイルを保存し、再度開いたときも色が変わってしまいます。

回避方法は2つあります。.

回避方法1-カラースキームの使用。 「グラフフォーマット」[Format Graph]ダイアログを用いて色を変更しないで、代わりにカラースキームを適用します。または、好みに合わせてカラースキームを作成しそれを適用します。カラースキームにより変更されたカラム散布図に重ね合わされるバーの色は、変わることはありません。「グラフフォーマット」[Format Graph]ダイアログにより色の変更を行った場合、色の変更は一時的なものとなり、グラフのファイルを保存し再度開いたときや、グラフをコピー&ペーストしたとき、あるいはボタンによりPowerPointやWordに送ったとき、色はカラースキームでの設定に戻ります。

回避方法2-最初に棒グラフを作成。  最初にカラム棒グラフを作成し、棒の色を希望する色に変更します。必ず色を設定した後に、グラフがカラム散布図を棒に重ね合せたグラフになるように変更します。この様に作成すると棒の枠線の色は変更されません。

棒で平均値あるいは中央値を表示していることが問題であることに注意してください。エラーバーの色も変更すること可能で、正常に機能します。