カテゴリー別アーカイブ: その他

0150 Prism 9.2.0 リリースノート (要約)

「データ分析」[Analyze Data]ダイアログ・アップデート:
検索可能な分析と最近使用された分析

Prismは、データの処理や調査に使用可能なたくさんの分析を提供します。Prism 9.1.0では「分析」[Analyze] メニューが導入され、Prismの分析ダイアログにアクセスするための新しい手法が提供されました。このメニューは、組み込みのシステム機能を使用して、macOSで完全に検索可能でした(ヘルプメニューにある検索バーを使用)。Prism 9.2.0では、macOSとWindowsで使用可能なPrismの分析ライブラリを捜す新しい方法を導入しました。Prismツールバーの「分析」[Analyze]ボタンで開かれる「データ分析」[Analyze Data]ダイアログには、目的の分析が簡単に見つけられるように検索バーが設けられます。

また、最も頻繁に使用する分析を簡単に見つけ易くするために、「データ分析」[Analyze Data]ダイアログの構成にいくつかの変更を行いました。”「最近使用した分析」[Recently used]”フォルダは、迅速かつ容易なアクセスのために分析リストの上部に移動されました。


新しいグラフ軸タイトル・コントロール

完璧に見えるグラフを作成することが重要なことを、GraphPad社は理解しています。ほとんどの場合、ユーザーは適切な種類のグラフ、適切な色、適切な線の太さなどを取得することに重点を置きます。しかし、ユーザーが忘れがちなのが、Y軸タイトルの方向と位置です。”標準的”グラフには、90°回転(垂直方向)され、Y軸の中心にY軸のタイトルが表示されます。この方法の簡単な例を以下に示します:

グラフで示されるように、この可視化は各々の州の人口を表しています。Y軸タイトルは”標準”の向きと位置で表示されていて、 -Y軸のタイトルは比較的短いため- このグラフはかなり見栄えがします。しかし、Y軸のタイトルが少し長い次のグラフを見てください:

このケースで、Y軸タイトルの”標準”の位置は、同じくらい良いようには見えません。これに対処する1つのオプションは、軸タイトルのフォントサイズを変更するか、タイトルを複数行のテキストに分割することが考えられますが、別の解決策は、Y軸タイトルの回転と位置を変更することかもしれません。軸の左側に軸タイトルを含める代わりに、Y軸タイトルの上に配置し、- 新しい位置を考慮して- テキストが水平になるように回転して変更することもできます。下のグラフは、これがどのように見えるかを示しています(グラフのタイトルもY軸のタイトルと揃えられており、X軸のラベルが軸の上側に移動されていることに注意してください):

Prism 9.2.0では、Y軸タイトルの回転と位置の両方を指定するための新しいコントロールセットが導入されています(必要に応じて、左右のY軸別々にコントロールされます)。デフォルトで、Y軸タイトルテキストの回転は、自動的に割り当てられます(縦/水平、位置により判断)が、回転の手動による指定を選択することもできます。これらのコントロールは「軸のフォーマット」[Format Axes] ダイアログの「タイトルとフォント」[Titles & Fonts]タブに追加され、Y軸を次のように指定できます:

回転/Rotation:

位置/Location:


カラースキームによる塗りつぶし

棒グラフ、箱ひげ図、バイオリンプロットなど、たくさんの様々な種類の視覚化を使用して、データのセット(グループ)を要約できます。これらの視覚化は、元となるデータの1つ以上の統計量の要約を表す簡単な方法を提供します。これらの統計量の要約の例は、標本標準偏差、標本平均とその標準誤差、または、信頼区間、中央値とデータの四分位値、その他、が含まれます。しかしながら、多くの場合、データの量が妥当である場合は、セットや群に含まれるデータポイントの個々のシンボルも含めることは良い考えです。Prismは、以下を含む要約の視覚化による個々のデータポイントのシンボル重ね書きのような多くのオプションを提供します:

以前のバージョンのPrismでは、あらかじめ定義されたカラースキームをこれらの可視化のいずれかに適用すると、何らかの予想外の結果が生じました。具体的には、これらの可視化はこれらのカラースキームの”塗りつぶしの色/Fill Color”による割当てを無視し、要約の可視化対象(バー、ボックス、バイオリン)の内部を完全に透過にします。これは、以前のバージョンのPrismでユニバーサル/ColorblindSafeカラースキームを適用した後のこれらのグラフの外観です:

Prism 9.2.0以前のバージョンでグラフにカラースキームを適用

これは、塗りつぶしの色がシンボルに適用されている色と同じである場合、シンボルが不明瞭になるためです。これは、そもそものすべてのデータを表示するという目的を無効にします。しかし、多くの組み込みのカラースキーム(と、ユーザー定義のカラースキーム)は定義された塗りつぶしカラーを含み、これらの塗りつぶしの色が認識され使用されることが必要です。それで、Prism 9.2.0では、塗りつぶしの色がグラフに追加される方法を改善しました。今では、Prismは定義された塗りつぶしの色を選択されたカラースキームで使用しますが、シンボル(または四分位線など)が明瞭に表示されるように、50%の透過度で適用します。その結果、はるかにカラフルなグラフが作成され、データに関する最も有用な情報がすべて伝達されます:

Prism 9.2.0でのカラースキームが適用されたグラフ

グラフポートフォリオ/Graph Portfolioのアップデート

Prism 9.2.0では、グラフポートフォリオにある多くのサンプルグラフの視覚的な更新が行われます。これらのグラフの多くは、新しいY軸のタイトル位置、新しい配色(半透過色のカラースキームのいくつかを含む)で更新され、全般的に視覚的改善が行われています。ウェルカム/Welcome ダイアログからグラフポートフォリオ/Graph Portfolio をチェックして、Prismが生成できるさまざまな形式のグラフの多くの例を調べてください。

0147 Windows 10(バージョン2004, 20H2および21H1)でPrismがフリーズする (Update 2021/06/01)

Microsoft IMEの影響により、Windows 10(バージョン2004, 20H2および21H1)で、文字/数値入力でPrismがフリーズする問題が確認されました。 この問題は、Windows 10の全てのバージョン (スタート  > 設定  >システム >バージョン情報 で確認できます)で生じるものではなく、バージョン2004, 20H2および21H1のみで発生します

今後のWindows Update を実行することで、この問題は解消されるものと思われますが、それまではMicorosoft社が提案する以下の回避策を適用ください。

回避策


以下の手順に従って、互換モードを有効にすることで、Prismのフリーズを回避することができます。

  1. [スタート] を選択し、「設定」 と入力して選択するか、Enter キーを押します。
  2.  [設定] 内の検索ボックスに「IME 設定」 と入力し、ご使用の言語に適切なIME 設定、たとえば、日本語の IME 設定などを選択してください。
  3. [全般] を選択します。
  4. [以前のバージョンの Microsoft IME を使う] をオンにします。

注: 互換性設定を長期間使用するのではなく、この問題の影響を受けるユーザーのための一時的な回避策として使用することをお勧めします。

以上、ここまで

0142 Prism 8.4.0 リリースノート (要約)

Prism 8.4.0は、2020年3月4日 (米国時間) にリリースされました。

  • Prism 8.4.0で追加された新機能
    • バイオリンプロットを作成するとき、完全な(尖頭の)バイオリンプロットか、あるいは、入力されたデータの最大値/最小値を切り詰めた(平頭な)バイオリンプロットかを選択します。
    • カラーマップ “ヴィリディス/Viridis”、”マグマ/Magma”、”インフェルノ/Inferno”、”プラズマ/Plasma”が ヒートマップと「グラフ形式の変更」[Change Graph Type]ダイアログ、「新しいグラフを作成」[Create New Graph]ダイアログでのでのプリセットとして使用可能となり、また ヒートマップでの「グラフフォーマット」[Format Graph]ダイアログのカラーマップのドロップダウンとしても使用可能になりました。
    • ヒートマップのデフォルトのカラーマップは、以前は”レインボー/Rainbow”でしたが、”ヴィリディス/Viridis” に変更されました。
    • カラーマップ ”マグマ/Magma”、”インフェルノ/Inferno”、”プラズマ/Plasma”、”ヴィリディス/Viridis” を適用した 4つの新しい配色。

 

  • Prism 8.4.0での機能改善/変更
    • 単純ロジスティック回帰で、Y=50に於けるXの信頼区間が追加されました。
    • 単純ロジスティック回帰と多重ロジスティック回帰によるロジスティック曲線に信頼帯が追加されました。
    • 「新しいグラフを作成」[Create New Graph]と「グラフ形式の変更」[Change Graph Type]に於けるヒートマップアイコンの外観が改善されました。
    • 対応のない繰り返し測定デザインで、主効果について”球面性を仮定しない”オプションが選択されるときのいくつかの多重比較検定が使用できなくなりました。 この変更についての詳細
    • 2-way ANOVA 分析の多重比較タブによる結果はブランクとなり、次のフローティングメモが表示されます。”この分析は、Prismの古いバージョンで実行されました。この仮説と多重比較のこの組合せは、誤解を招くものであったため、今後は利用できません。 詳細。”
    • すべての種類のテーブル(以前はXYのみ)で、基準化の後にグラフを作成できるようにし、「基準化」[Normalize]分析ダイアログを改善しました。
    • Kaplan-Meier 生存分析グラフの、デフォルトY軸ラベルを改善しました。以前は、Y軸タイトルは”生存率/Percent survival”でしたが、”生存率/Probability of Survival”となりました。
    • 等式に組み込まれた”2フェーズ”指数関数式の解析的表現が追加されました。
    • 度数分布分析のパラメータ・ダイアログを改善しました。
    • 「パラメータ: t 検定 (およびノンパラメトリック検定)」[パラメータ: t 検定 (およびノンパラメトリック検定)]ダイアログの「オプション」[Options]タブでの”「Wilcoxon: 行の両方の値が等しいとき、Prattの手法を使う」[Wilcoxon: When both values on a row are identical, use method of Pratt]”チェックボックスのテキストを言い換えました。
    • ネストt検定ダイアログの「分析」[Analysis]タブでの”「差の出力:」[Report differences as:]”についてのデフォルトオプションを、”列A – 列B”から”列B – 列A”に変更しました。
    • 「グループプロット」[Grouped]データテーブルでのデフォルトのグラフを棒グラフから散布図に変更しました。
    • Prism 8.4に、今後のバージョンは64-bit OSのみしかサポートしないことを警告するアラートが追加されました。32-bit Windows システムのPrismが起動するときだけ、このアラートは表示されます。
      今後のバージョンは、64-bit Windows のみでしか使用できません。

 

  • Prism 8.4.0でのパフォーマンス(速度)の改善
    • 数千のデータポイントを持つ大規模プロジェクトを開くときのパフォーマンスの向上。
    • 1つのグラフに数十万のデータポイントを含むプロジェクトを開くときのパフォーマンスの向上。

 

  • Prism 8.4.0での分析機能バグフィックス
    • 3-way ANOVA結果シートの「平均値」[Means]タブでの、不適当な要因名称を修正しました。
    • Prism 8 での”O vs. E” 二項式検定でのP値がPrism 7でのそれと違っていた問題が修正されました。
    • Kruskal-Wallis 検定の計算をキャンセルすると、Prismがクラッシュする問題を修正しました。
    • 最初のデータセットがソースデータテーブルから除外された場合、すべてのデータセットが「基準化」[Normalize]の結果シートから消える問題を修正。
    • グループ変数が定義された場合、「抽出と再構成」[Extract and Rearrange]分析の結果で列や行の順序が正しくない問題を修正。
    • ソースデータテーブルでデータが削除/除外された後でも、「単純ロジスティック回帰」[“Simple Logistic Regression]分析定数が「定数の設定」[Hook Constant]ダイアログで表示される問題を修正。
    • 「多重ロジスティック回帰」[Multiple Logistic Regression]および「単純ロジスティック回帰」[Simple Logistic Regression]分析のオンラインヘルプ(フローティングノート、ダイアログ、および解釈ツールバーボタンの「ヘルプ」[Learn more]リンク)へのリンクを修正。
    • 非線形回帰分析の”「”不安定な” パラメータを特定する。」[Identify “unstable” parameters.]” オプションの注意でのヘルプのリンクを修正。
    • 誤った組み込まれたモデル式 ”EC50シフト Xは濃度/EC50 shift, X is concentration” を修正。

リリースノート詳細については、こちらをご参照ください。
Prism 8.4.0 Release Notes

0139 Prism 8.2.1 リリースノート (要約)

Prism 8.2.12019828日にリリースされました。

分析のバグフィックス

  • 2-way ANOVAでの多重比較で計算が一部正しくない問題を修正。(バージョン8.2.0のみ)
  • 非線形回帰による結果で、KI値が失われる場合がある問題を修正。
  • 非線形回帰で、変換された値のプロファイルCIが出力されない場合がある問題を修正。
  • Mac:生存曲線分析で、間違った”+無限”と”-無限”が出力される問題を修正。

その他のバグ修正

  • 多重回帰分析で、プロファイル尤度CIの計算を中断したとき、Prismがクラッシュする問題を修正。
  • Prism 7で作成されたROC曲線を含む特定のファイルを開くとき、Prismがクラッシュする問題を修正。
  • Mac:分析結果からデータテーブルにデータをコピーするとき、小数点記号が失われてしまう場合がある問題を修正。
  • Mac:多数の行で”ROC Curve”分析を再計算しているときに、Prismがクラッシュする問題を修正。
  • Mac:Format Graphダイアログの”Spacing”セクションで、”Before the first column”フィールドに大きい値を入力していると、Prismがクラッシュする問題を修正。
  • Mac:データセルでダブルクリックを行うと、小数点以下の桁数が突然増えてしまう場合がある問題を修正。
  • Mac:”Parameters: Two-way ANOVA” ダイアログを再度開くと、”Matching by which factor(s)?”セクションが選択できないため、”Assume sphericity”が選択できない問題を修正。

MacOS Catalina(MacOS 10.15)が原因の問題を修正。

 

GraphPad社 原文:

https://www.graphpad.com/support/faq/prism-821-release-notes/

0099_updated Prism 5 Windows版 ファイル形式による不具合(シート名の文字化け)

Prism 5 から、標準のpzf形式のほか新たにpzfx形式がサポートされました。

pzfx形式で保存されたファイルを作成保存した場合に、以下のような不具合があることが確認されています。

不具合内容:
シート名が日本語の場合、Prism 5で保存したときにシート名が文字化けを起こす。
※一旦文字化けを起こしたシート名が元に戻る事はありません。再度、シート名を変更下さい。

回避策:
日本語のシート名があるファイルをPrism 5で保存する場合は、pzf形式で保存する。
pzfx形式で保存する場合はシート名を日本語にしない。

この不具合は、Prism 5.04で確認され、Prism 6で修正されています。
Mac版 Prism 5dおよび5fではこの不具合は発生しません。

※pzfx形式は、Prism 4で読み込むことはできません。

0085 データの解析結果を論文で引用するには?

データの解析結果などを論文で引用する場合、分析の手法とPrismのバージョン番号を、小数点以下2桁まで表記して下さい。


“One-way ANOVA with Dunnet’s post test was performed using GraphPad Prism ver.5.00 for Windows, GraphPad Software, San Diego California USA.”

バージョンの詳細を調べる場合は、Welcome to GraphPad Prismダイアログの左上、またはPrismメニューの About Prism からご覧頂けます。

論文への記載は「どの統計解析プログラム(ソフトウェア)を使用したか」より、「どのような分析方法を選択したか」を説明することが重要です。例えば、Prismで曲線をフィットさせたと言っても、どの方程式を選択したのか、データポイントの重み付けはどうしたのか、パラメータを一定値に固定したのか等が記載されていなければ十分とはいえません。


参照元:How to cite GraphPad Prism

0054 Prism英語版に日本語入力はできますか?

Windows日本語版およびMac版で日本語入力が可能です。(日本語版の入力は、外部テキストフィールドからの入力になります)

Win
【英語版】
Mac
【英語版】
Win
日本語版
日本語表示(日本語版で作成したもの)
日本語入力
日本語インターフェイス

日本語が入力/表示されない場合、Prismのフォントの設定を変更下さい。
Prism FAQ053 Prism日本語版で作成したファイルを英語版で開くと文字化けするのですが?