多変量解析に関するGraphPad社の解釈は、下記の通りです。(Ref：GraphPad FAQ# 1065）

「多変量(Multivariate)」という用語には一貫性がありません。
定義によっては、「多変量」は複数の従属変数（結果因子）を同時に算定する解析のみとします。
Prism/Instat/StatMateにはこれらの種類の多変量解析は備えていません。

「多変量解析」という用語は一般的に、１つの従属変数と複数の独立変数を扱う解析を示します。
Prismはこの解析方法にフォーカスをおいて設計されていませんが、「多変量」と呼べる解析を幾つか行うことができます。

・　二元配置分散分析（Two-way ANOVA）― 結果因子を2グループ変数の関数とみた場合
・　２つの線形回帰直線の勾配と切片を比較する ― ANCOVAの形態
・　２つの従属変数で非線形回帰を実行する ― 独立変数が従属変数になりえる場合

Prismではロジスティック回帰や比例ハザード、（上記以外の）ANCOVAまたは二元配置以上の分散分析(ANOVA)を実行することはできません。
またInstatでは、変数選択がないものの、多重線形回帰（multiple linear regression）が実行可能です。