GraphPad Prism  6 ユーザーズガイド

ベースラインの削除

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ベースラインの削除

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多くのデータ タイプで、関心対象の測定値 (シグナル) と関心対象でないベースラインやバックグラウンド (ノイズ) が混在しています。これらのデータは 2 つの方法で分析できます。1 つの方法はシグナル全体を分析する方法です。もう 1 つの方法は、ベースラインや非特異的な値を取り除いたり区別してから結果を分析し、グラフを作成する方法です。

この分析を行うには、データ テーブルを表示し、「分析」[Analyze] をクリックし、「ベースラインと列の数式の削除」[Remove Baseline and Column Math] 分析を選択します。

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ベースラインの定義

実験内容に応じて、ベースラインは (少なくとも) 3 つの方法で定義できます。Prism でこの分析を選択する前にこの点についてよく考えてください。特定の値のベースライン値は以下のいずれかであると考えられます。

合計値として同一のカラムの特定の行に入力されている 1 つの値、または複数の繰り返し値の平均値。ベースラインを、最初の行、最後の行、または最初および最後の行 (あるいはどちらか一方) に存在する特定数の値の平均値のいずれとして定義するか選択します。
ベースラインが差し引かれる (あるいは区別される) 値と同じテーブルの行のベースライン カラムの値 (または複数の繰り返し値の平均値)。したがって、カラム B の 13 行目の値のベースライン値は、カラム A の 13 行目の値か、カラム A の 13 行目の繰り返し値の平均値になります。単一カラムをすべての値のベースライン値にするか、またはカラムを 1 つおきにベースラインまたは合計とするか、いずれかを選択します。

線形ベースラインの仮定オプションを選択した場合、Prism では、X 値を X、そのバックグラウンド (非特異) 値を Y として線形回帰が行われます。各 X 値について予測される Y 値 (線から) が算出されます。その後、この予測されたベースラインの Y 値が差し引かれます (あるいは区別される)。この手法は、非特異的な値またはバックグラウンド値が X 値に対して線形である (たとえば、多くの場合に非特異的結合はリガンド濃度に対して線形) ことがわかっている場合に適切で、X 値ごとにベースラインまたは非特異測定値を収集していない場合に特に便利です (Prism で自動的に線形回帰から非特異的な値が補充される)。Prism では線形回帰のフィットの際、線が原点を通るとは仮定されず、回帰結果は表示されません。

(たとえば) カラム A のすべての値の平均値。1 つのカラムの平均値 (または中央値) を、その他のすべての値から差し引く (あるいは区別する) ベースラインを定義する場合、別の計算方法が必要です。これは、Prism のベースライン削除分析機能では行うことはできません。代わりに、データ テーブルを 2 つの方法で分析します。まず、カラム統計分析を行い、カラムの平均値を算出します。次に、変換分析を行い、Y = Y-K (または Y = Y/K) の変換を選択します。K の値をベースラインとして使用するカラム (通常は最初のカラム) の平均値 (カラム統計分析で算出) にフックします。

計算

オプションは見ればすぐに分かりますベースラインを差し引く、ベースラインで区別する、割合またはパーセント差異を計算するなどを指定できます。この分析を使用して 2 つのカラムを追加あるいは乗じることもできます。