Geneious Prime 新機能

機能 | Features

• クローニング検証（Cloning Validation:）： 検証メタデータを追加、エクスポート、記録するための視覚的で半自動化された検証ツールです
• リファレンスへのマップ（Map to Reference/s ）： インタラクティブなクイズ形式のガイダンスを行い、最適なアルゴリズム決定を提案します

機能強化とユーザービリティの向上 | Minor Features and Usability Improvements

• クラウドデータベース（Cloud Database）： 詳細設定の SSL.CustomTrustedCertificates で設定されたカスタム SSL 証明書が正しく使用されるようになりました。
  
• De Novo アセンブリー（De Novo Assembly）： インタラクティブなクイズ形式のガイダンスを行い、最適なアセンブラーを提案します

修正とマイナーチェンジ | Fixes and Minor Changes

• バックトランスレート（Back Translate）: Fixed bug where it produces no results on some large sequence lists
• 一括リネーム（Batch Rename）: Fixed rare hang when creating advanced batch renames
• CRISPR: Fixed the process to install and invoke Doench 2016
• クラウドデータベース（Cloud Database）：
  • 多数のフォルダを作成する際にクラッシュすることがあった問題を修正しました
  • 一括リネームオプションの表示時にハングすることがあった問題を修正しました
  • ログアウト後のログインにかかる時間を改善しました
  • ログインエラーメッセージが完全に表示されないことがあった問題を修正しました
  • ログインダイアログを早期に閉じるとクラッシュすることがあった問題を修正しました
• Custom BLAST：NCBIカスタムデータベースをインストールできないことがあるバグを修正しました
• DeSeq2: 複数のインターバルを持つアノテーションが正しく比較されない稀なクラッシュを修正しました
• 一般（General）：Geneious Primeのシャットダウン時にまれに発生するクラッシュを修正しました
• インポート: エクセルファイルのインポート時に稀に発生する問題を修正しました
• Map to Reference：リファレンスへのマップ実行時に稀に起こるクラッシュを修正しました
• 検索 (Search）： プラグインが削除されている場合、メニューを検索するとクラッシュすることがあったバグを修正しました
• 共有データベース（Shared Database）：
  • ネットワークに問題が発生するとGeneiousがフリーズするバグを修正しました
  • 共有データベースに接続されているとき、Geneious Primeがシャットダウンしないことがあったバグを修正しました
  • ドキュメントのインデックス作成の効率が向上しました
• Trim Ends: ワークフロー内でトリミングされた配列のトラックアノテーションが正しくなかった問題を修正しました

その他 | Other Notes

• Java： バンドルされているJREのバージョンを11.0.20.1+1に更新

機能 | Features

• CRISPR：CRISPRサイト検索用PAMを追加しました
• クローニングバリデーション：プラスミド一括検証時の配列アライメントを自動化するツールを追加しました
• プライマー設計：プライマーの特異性テスト用ツールを追加しました
• STAR: 高精度なスプライシング配列アライメントを行うRNA-seqマッパー、STARを追加しました
• ワークフロー：複数の配列を個別の画像として一括エクスポートするワークフローを追加しました

機能強化とユーザービリティの向上 | Minor Features and Usability Improvements

• CRISPR：個々のオフターゲット配列の選択が可能になりました
  
• コマンドラインインターフェース：データベースフォルダを入力として使用できるようになりました
• Geneious Academy：ヘルプメニューに新しいGeneious Academyへのショートカットが追加されました
• その他一般：ネットワークデータベースで選択されたドキュメントの読み込みの進捗状況を報告する際に、ユーザーの操作がブロックされないようになりました
• プリプロセッシング：別途プラグインを追加する必要がなくBBDukが利用できるようになりました
• ユーザーインターフェイス：ドロップダウンがフィルタリングをサポートし、カスタム値の入力が可能な場合はより明確に表示されるようになりました

修正とマイナーチェンジ | Fixes and Minor Changes

• アノテーション：
  • Paired Primer カラムを含むアノテーションテーブルをエクスポートするとクラッシュする不具合が修正されました
  • アノテーションテーブルでdeleteを押すと、選択したアノテーションが削除されないことがある問題を修正
• Bowtie2：Bowtie2 2.4.5にアップデートしました
• CRISPR：CRISPR編集結果の解析に最大ギャップサイズオプションが追加されました
• コマンドラインインターフェース：ローカルデータベースのドキュメントが見つからないバグを修正しました
• ダークモード: Sequence Viewer の選択番号の色を明るくしました
• De Novo Assembly：最大ミスマッチの設定が 0 に設定されている場合に、ミスマッチを含む結果を生成することがあったバグを修正しました。
• De Novo Assembly と Map to Reference(s): メモリ不足になった後も継続して実行されることがありましたが、速やかに実行中止されるようになりました
• 一般：
  • スペーサーが使用された際、連結されたファイル名が再フォーマットされます
  • フォルダの作成または名前の変更で、無効なファイル名が使用された場合に別の名前を要求します
  • ファイルメニューにPDFとして保存...オプションが追加されました
  • 非常に大きなシーケンスリストを一括してリネームするとクラッシュすることがあった問題を修正しました
  • ドキュメント保存のパフォーマンスを改善（特にネットワークデータベースにおいて起動時にシステム情報を収集するとまれにクラッシュすることがあった問題を修正
• 配列のグループ化：タンパク質配列とペアの塩基配列をグループ化する際にクラッシュすることがあった問題を修正しました
• MAFFT：MAFFTをバージョン7.490に更新しました
• MUSCLE：MUSCLEアルゴリズムをバージョン5.1に更新しました
• メモリ：一部の大規模データセットを扱う際のメモリ使用量を削減しました
• SPAdes：SPAdesをバージョン3.15.5へ更新しました
• Sample Document：サンプルドキュメントにSARS-CoV-2ゲノムを追加しました
• Sequence View：タンパク質配列ビューでズームインしたときに3文字アミノ酸をオフにするオプションを追加しました
• 共有データベース：デフォルトのmysql-connectorを8.0.28に更新しました
• 共有データベース：共有データベースのドキュメントのインデックス作成が、ドキュメントが破損しているために進まないバグを修正しました
• スタートアップ Geneiousの起動状況を表示するプログレスバーを追加しました

その他 | Other Notes

• 16S Biodiversity ツールは削除されました
• TopHat RNAseq mapper ツールは削除されました

機能 | Features

• CLI：ローカルデータベースからのファイルのインポートとエクスポートに対応
• CLI：共有データベースからのファイルのインポートとエクスポートに対応
• クローニング：In-Fusion クローニング機能を追加
• パーツクローニング：タンパク質ドキュメントのサポートを追加
• プライマーのインポート：適切にフォーマットされた配列が提供された場合、インポート時に自動的にプライマーの拡張子を注釈する機能を追加

機能強化とユーザービリティの向上 | Minor Features and Usability Improvements

• 3D Proteinビューア：Jmolをバージョン6に更新
  
• クローニング：
  • 一括操作時の入力検証を改善
  • クローニングオプションダイアログの改善
  • クローニング操作の配列リスト結果の命名方法の改善
  • その他、様々なUI/UXの改善
• ユーザーインターフェイス：
  • 10個以上の値を持つコンボボックスコンポーネントにフィルター機能を追加
  • ドキュメントおよび注釈テーブルにフローティングネーム列を追加

修正とマイナーチェンジ | Fixes and Minor Changes

• アドバンスト・プリファレンス；高度な環境設定テーブルの値が変更後に再ロードされない問題を修正
• 参照配列へのVariants適用：カバレッジの低い領域をNでマスクするオプションを追加
• 自動アップデート：自動更新のダイアログが正しく表示されない不具合を修正しました
• BLAST：
  • BLASTワークフローにおいて、あるBLASTタイプのオプションを変更すると、他のBlastタイプのオプションにも影響する不具合を修正
• クロマトグラムビューワー：一部のカラースキームで、線と文字の色が正しく表示されない不具合を修正
• クローニング：
  • クローン作成結果の名前に間違った挿入順が含まれていたバグを修正
  • 制限クローニングで挿入を並べ替えると稀にクラッシュする問題を修正
  • 大規模データセットでのオペレーションを高速化
  • Golden Gateクローニングで配列リストが正しく反転されるよう修正
  • Golden Gateクローニングで配列リストが正しく作成されるよう修正
• コマンドラインインターフェイス
  • コマンドラインにインストールIDを表示するパラメータ --installationId を追加
• CRISPR
  • プリインストールされているpython3の検出を改善
  • 配列リストに対してFind CRISPR Sitesを実行した際に、アノテーションの色が表示されない場合があった問題を修正
  • 互換性のないバージョンのpythonをインストールできないように改善
• データベース
  • ローカルデータベース内の複数のドキュメントやフォルダーをコピーする際のパフォーマンスを改善
• 一般
  • すべてのパスワードフィールドのテキストを非表示／表示するボタンを追加
  • 管理者が任意のプラグインを無効化できる機能を追加
  • Ctrl+ドラッグ（またはalt+ドラッグ）した書類を同じフォルダに移動し、「Replace」を選択すると、その書類が削除されることがあったバグを修正
  • Geneious をアンインストールできないことがあった問題を修正
  • クラッシュ情報を収集する際にまれにクラッシュすることがあった問題を修正
• インポート/エクスポート：
  • Grammarly Desktopがインストールされているか、システムの画面ズーム設定が有効な場合に、ドキュメントおよびフォルダ選択ダイアログが表示されないというバグを修正
  • 不正なメタ情報データを含むvcfファイルをインポートするとまれにクラッシュする問題を修正
  • GFFおよびBEDファイルフォーマットでエクスポートする際に、配列注釈を配列開始インデックスでのソートが可能になりました
  • コメントでメタデータを持つ配列をインポート時にグループ化できるようになりました
• コドンの最適化：配列リストに対して最適化コドンを実行すると、まれにクラッシュすることがあった問題を修正
• プラグイン：他のプラグインに依存しているプラグインを無効化すると、起動に失敗する問題を修正
• プラグイン開発キット：
  • Geneious の標準的なログに簡単にアクセスできる Logs クラスを追加
  • ラッパープラグインから複数のファイルをインポートする際に発生したクラッシュを修正
• Public API: 非推奨のメソッドをマーク
• シークエンスビュー
  • シーケンスビューからすべてのアノテーションが消えてしまうことがまれにある問題を修正
  • 読み取り専用のアノテーションの変更を取り消すとまれにクラッシュする不具合を修正

PDFとして保存：macOSで、PDFで保存するとローカルプリンターに送信される不具合を修正

• ユーザーインターフェイス：
  • ダークモードで表示した場合、クローンレポートのテーマが薄くなる不具合を修正
  • ライトモードでドラッグ＆ドロップを行うと正しい色が表示されないというバグを修正
  • テーブルのサイズを変更したとき、文書テーブルのテキストが複数行のテキストとして表示される場合があるというバグを修正
  • テキストビューで一部の注釈が表示されないというUIエラーが発生する不具合を修正

機能 | Features

• Golden Gateの一括処理：Golden Gateクローニングで、同一方向の配列が含まれるListドキュメントを理解できるようになりました
• 部分的なクローニング：既存のパーツから配列の組み合わせを生成するパーツクローニングをサポートする機能が追加されました
• Excelからプラーマーをインポート：エクセルファイルから配列をインポートできるようにアップデートしました

機能強化とユーザービリティの向上 | Minor Features and Usability Improvements

• ダークモード：ユーザーエクスペリエンスを向上させるために多くの小さな調整が行われました
• De novoアセンブリ：Geneious de novoアセンブリにおいて、特にハイカバレッジデータセットでのパフォーマンスが向上しました

修正とマイナーチェンジ | Fixes and Minor Changes

• Blastによるアノテート：複数のシーケンスに対して同時にオペレーションを実行するとクラッシュすることがあった問題を修正しました
• 自動アップデート：自動更新のダイアログが正しく表示されない不具合を修正しました
• BLAST：
  • Custom BLASTにおいて、データベース名にスペースが含まれる場合、完全な配列が取得できない不具合を修正しました
  • BLAST+ 2.12.0にアップデートしました
• コマンドラインインターフェース：
  • 複数の結果ドキュメントを個別のファイルとして書き出す --multi-file/-m アドバンスフラグを追加しました
  • 一部のヘッドレスLinux環境でCLIがクラッシュすることがあったバグを修正しました
  • 無関係なエラーメッセージが表示されることがある不具合を修正しました
  • include-id "コマンドを基本ヘルプから詳細ヘルプに移動しました
• バックトランスレート：タンパク質リストで "選択された領域" を使用してこの操作を行うとクラッシュする問題を修正しました
• ダークモード：テーマを切り替えた後に再起動するとハングアップする macOS の稀なバグを修正しました
• 消化による断片化: 消化されたアノテーションが適切な間隔でフラグメントの長さに切断されるようになりました
• Gatewayクローニング：Att Site Finderの精度が向しました
• Geneiousサーバー：終了したリモートジョブの進捗が完了として設定されない稀なバグを修正しました
• コドンの最適化：一部の読み取り専用の注釈が最適化されたドキュメントに転送されるバグを修正しました
• インポート：
  • SnapGeneからエクスポートされたファイルは、「Exported」ではなく、その名前もインポートされるようになりました
  • 非常に深い分岐を含む系統樹データのNewick形式ファイルをインポートする際のバグを修正しました
• コドンの最適化：一部の読み取り専用の注釈が最適化されたドキュメントに転送されるバグを修正しました
• オプションプロファイル：オプションプロファイルを復元できない場合、サイレントエラーではなく、エラーメッセージを表示するようになりました
• プライマー：
  • DNAプローブのアノテーションでフィールドが欠落していたバグを修正しました
  • オリゴ配列に変換された編集済み配列がドキュメントパネルで融解温度を更新しないバグを修正しました
  • 「Test with Saved Primers」操作において、不一致のプライマーがマージされることがあるバグを修正しました
• シークエンスビュー
  • 抽出または翻訳後、ソース配列上で選択した内容が保存されないバグを修正しました
  • 読み取り専用のアノテーションの変更を取り消すとまれにクラッシュする不具合を修正しました

ペアリングされたリードの設定：ペアリングできないデータに対して、ワークフローからこの機能を使用した場合の誤解を招くエラーメッセージを修正しました

統計：長さの統計で、タンパク質配列のギャップとストップコドンをカウントしないようになりました

• その他の注意事項：
  • Java - バンドルされているJREのバージョンを11.0.14+9に更新

機能 | Features

• BLASTによる注釈：BLASTを使用して配列の領域に注釈をつけるオプションを追加
• コマンドラインインターフェース：ver.2022.0をリリース
• ダークモード：ダークモード(β)テーマの追加 - Preferencesでオンにすることができます

機能強化とユーザービリティの向上 | Minor Features and Usability Improvements

• 高度な環境設定：フィルタの追加
• クロマトグラムトレース：ベースコールに一致しないトレース領域をハイライトするオプションの追加
• 実験用の機能：
  •  「Search Everywhere（あらゆる場所を検索）」とアノテーション編集中のフィルタリングの新機能を Preferences の Experimental Features」セクションに追加しました。
• コドンの最適化：アノテーションのコンテキストメニューに最適化されたコドンを適用/戻すオプションを追加

修正とマイナーチェンジ | Fixes and Minor Changes

• アライメントビュー：
  • アラインメントから配列を抽出する際にクラッシュする場合があった問題を修正
• 選択時の特徴：
  • 選択したプライマーペアが同じ方向を向いている際に生じるクラッシュを修正
  • 選択したプライマーが同じ方向を向いている場合にペアとしてテストするオプションを削除
• コンティグビュー：
  • コンセンサス配列の計算が終了する前に領域を選択するとハングアップする不具合を修正
  • 非常に高いカバレッジのコンティグを行った際に見られるパフォーマンスの低下を修正
• De novoアセンブリ：
  • Stopボタンを押した後にまれにクラッシュすることがあった問題を修正
• ドキュメントビュー：
  • ドキュメントビューの切り替え時にまれに発生するクラッシュの修正
  • カラムの preference ボタンをステータスバーに移しメニューレイアウトを再設計
• エクスポート：
  • csvドキュメントのエクスポート時にまれにクラッシュすることがあった問題を修正
  • Windowsで、エクスポートダイアログが不定期にハングすることがある問題を修正
• 一般
  • ドキュメントが選択されるべき時に選択されないことがあるバグを修正
  • ハードウェアの不具合を検出し、クラッシュすることなく問題を説明するメッセージを表示するように改善
  • ファイル同期フォルダに格納されたローカルデータベースフォルダの検出を改善
• インポート：
  • newick形式の属性を持つツリーファイルをインポートする際のバグを修正
  • Zipファイルのインポートの機能強化 -Zipファイルのインポート（Geneiousがサポートするあらゆる形式のファイルを含む）が、拡張子が'.zip'から'.geneious'に変更されたファイルでも動作するようになりました
• ライセンス：フローティングライセンスマネージャーの詳細を管理者プロパティで設定できない不具合を修正
• MapからReferenceへの切替：循環参照配列の原点に大きなギャップがあると、まれにクラッシュする問題を修正
• Metadata Importer: 共有データベースのエイリアス文書でカラムマッチが機能しない問題を修正
• オペレーティングシステム
  • macOS スイッチアウトしたユーザーが Geneious Prime をバックグラウンドで開いている場合に発生する FlexNet グループライセンスのアクティベーションの問題を修正
  • macOS: default_user_preferences.xml が ~/Library/Application Support/Geneious/ ディレクトリからロード可能になりました
  • macOS: geneious.properties が ~/Library/Application Support/Geneious/ ディレクトリからロードできるようになりました

コドンの最適化：Forbidden Custom Mitifオプションの最後にスペースを使用するとクラッシュする問題を修正しました

プライマー設計：プライマーのダイマーTmがオプションで設定した最大ダイマーTmの上限を超えた場合、ユーザーに警告するようになりました

検索：Inculde Subfolders (サブフォルダを含む)の選択状態が基本検索と詳細検索で共有されるようになりました

• シーケンスビュー：
  • メタデータフィールドが重複している場合、注釈名のコピーでクラッシュする不具合を修正
  • プレビューボックスに表示されるプライマーのTmが不正確な場合があるのを修正
  • Pair Selected Primers使用時にまれに発生するクラッシュを修正
  • マウスで選択端を調整した後、add primer annotation(プライマーアノテーションを追加する)ボタンが正しく表示されるように修正
• ユーザーインターフェース：ボタンにドロップダウン矢印を追加
• バーチャルゲル：
  • スーパーコイルDNAが線状で表示される場合の表示追加
  • レーン数が多い場合に印刷プレビューダイアログと「画像に保存」でクラッシュする不具合を修正
• その他の注意事項：
  • Java - バンドルされているJREのバージョンを11.0.12+7に更新
  • Java - Geneiousとプラグイン開発キットはJDK 11を使用するようになりました