Geneious Prime FAQ

購入や注文方法に関するお問い合わせは、購入に関するFAQをご参照下さい。

エディション

Geneious Prime のアカデミック版対象について知りたいのですが。

アカデミック対象ユーザは下記の通りです。

1. 大学、高専、高校等教育機関
2. 文部科学省が認定している医療機関（大学付属病院）　
3. 国立研究開発法人、独立行政法人、大学共同利用機関法人、公益財団法人、地方公営企業（地方公共団体が経営する企業）
4. 特定非営利活動法人などのNPO団体

Geneious Prime の一般・アカデミック版は機能的に違うのですか？

一般・アカデミック版に機能的な違いはありません。製品の価格のみが異なります。

産学官連携のパートナーとして大学と共同研究を行っておりますが、Geneious Prime アカデミック版は購入できますか？

パーソナルライセンスの場合：民間企業の場合はアカデミック版の対象とはならず、一般向け価格が適用されます。実際に使用されるユーザーが教育機関と兼任している場合はアカデミック版の対象となります。

グループライセンスの場合：Geneiousを使用する機関・団体（請求先情報）がアカデミック版対象の判断基準となります。使用者に教育機関に所属される方を含む場合でも、使用する場所が民間企業の場合は一般向け価格となります。

Geneious Prime アカデミック版の購入に必要なものは何ですか？

アカデミック版をご購入頂く場合、所属する団体名とE-mailアドレスにてアカデミック版対象か判断します。アカデミック版の対象となるメールアドレスは、アカデミック版対象機関のドメイン(.ac、.govなど）である必要があります。

大学を卒業したら、アカデミック版は使用できなくなりますか？

ライセンスが有効であれば継続してご利用頂けますが、ライセンス更新時に教育機関発行のEメールアドレスメールアドレスをご提示いただく必要があります。 客員教授／研究員として大学に在籍されているものの、教育機関からのe-mailアドレスが発行されていない場合は、在籍・在職を証明する書類のコピーを提出下さい。

Geneious Prime 学生版はありますか？

学生を対象としたライセンス (Student Personal) につきましては、弊社では販売はしておりません。Student Personal の購入は開発元であるBiomatters, Ltd.に直接ご注文下さいますようお願い致します。

インストール

インストールの方法は、ユーザーベースドライセンス（メールアドレスによるアクティベーション）またはマシンベースドライセンス（ライセンスキーによるアクティベーション）により異なりますのでご注意ください。

Geneiousのインストール方法 : メールアドレスによるアクティベーション

Geneious Prime 2024 以降、アクティベーションの方法が選択方式になりました。登録確認書にシリアル番号が記載されている場合、Geneiousのインストール方法 : ライセンスキーによるアクティベーションをご参照ください。

1. My Account ページよりインストーラーをダウンロードし、インストーラーを起動します。

Geneious Prime インストーラーは、開発元のウェブサイトからもダウンロード可能です。

Geneious Prime Download
https://www.geneious.com/download

My Account ページ

2. インストーラーを起動すると、 Welcome to Geneious Prime ダイアログが開きます。Geneious Prime がデータを保存するフォルダ（データベースフォルダ）を指定し、Activate a License ボタンをクリックします。

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インストールダイアログではなく、制限付きモード^*で Geneious Prime が起動した場合は、Helpメニューから "Activate License..." を選択します。

^*ウィンドウの左下に "Features Restricted" が表示されます.

3. Activate License ダイアログが開きます。ダイアログで Email Sign Inを選択します。

4. Sign In ダイアログに登録メールアドレスを入力し、Continue ボタンをクリックします。

メールアドレスとパスワードは、「登録確認書」に記載があります。

5. Enter Password のフィールドにパスワードを入力します。パスワードが不明な場合は、 Forget your password? をクリックしてパスワードを再設定してください。

6. License Agreement (ライセンス規約) に同意頂けましたらチェックボックスにチェック頂き、Accept ボタンをクリックします。

Geneious ライセンスアグリーメント
http://assets.geneious.com/legal/eula.html

6. アクティベーションが完了すると You're All Set ダイアログが表示されます。 Start Using Geneious ボタンをクリックすると、Geneious が起動します。

FLEXnetをインストールする必要がありますか？

Geneious Prime 2022.1.1より、FLEXnet のインストールは不要となりました。

2022.1.1以前のバージョン：

Geneiousをアクティベートするには、FLEXnet（ライセンス管理プログラム）がインストールされている必要があります。 通常は、Geneiousインストール時にインストールされます。Geneiousインストール時にFLEXnetがインストールされない場合は、Helpメニュー → Install FLEXnet を選択してFLEXnetを実行してください（FLEXnetの実行が必要な場合は、Geneiousの画面に表示されます）。

参照:Geneious FAQ: Do I need to install FLEXnet?

Geneiousのインストール方法 : ライセンスキーによるアクティベーション

Geneious Prime 2024 以降、アクティベーションの方法が選択方式になりました。Geneious Prime 2024 以降は ステップ 2-1、Geneious Prime 2024 以前のバージョンはステップ 2-2 をご参照ください。

1. My Account ページよりインストーラーをダウンロードし、インストーラーを起動します。

Geneious Prime インストーラーは、開発元のウェブサイトからもダウンロード可能です。

Geneious Prime Download
https://www.geneious.com/download

My Account ページ

2-1. Geneious Prime 2024 以降

インストーラーを起動すると、 Welcome to Geneious Prime ダイアログが開きます。Geneious Prime がデータを保存するフォルダ（データベースフォルダ）を指定し、Activate a License ボタンをクリックします。

---

インストールダイアログではなく、制限付きモード^*で Geneious Prime が起動する場合は、Helpメニューから "Activate License..." を選択します。

^*ウィンドウの左下に "Features Restricted" が表示されます.

Activate License ダイアログが開きます。ダイアログで License Key を選択します。

2-2. Geneious Prime 2024 以前

インストールが完了し、Welcome to Geneious Prime ダイアログが開きます。Geneious Prime がデータを保存するフォルダ（データベースフォルダ）を指定し^*、Activate a License ボタンをクリックします。

^*データベースフォルダの場所はインストール後に変更することも可能です。

 

3. Enter your License Details ダイアログにEメールアドレスとライセンスキーを入力し、OKボタンをクリックすると Geneious が起動します。

Geneiousは何台のコンピューターにインストールできますか？

パーソナルライセンス

1つのライセンスにつき、登録された個人ユーザーが所有するコンピューター2台にインストールすることができます（同時起動はできません）。

ユーザーベースドライセンス：30日に2回までコンピューターを変更することが可能です。

マシンベースドライセンス：ライセンス有効期間中（１年ごと）に2回までコンピューターを変更することが可能です。

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Note:

License Agreement 3.1 Personal License: A Personal License entitles a single Authorized User to install and use the Software on up to 2 computers running any of the supported operating systems, provided that only one copy of the Software is running at any given time and that the same License Key or User Credential is not used by anyone other than the Authorized User. The Authorized User may also access Subscription Services through the Personal License if supported in your geographical region.

チームライセンス

1つのシートにつき、1名のユーザーのみが利用することを条件に、2台までにインストールして使用することが許諾されています（同時起動はできません^*）。

1つのシートにつき、30日に2回までコンピューターを変更することが可能です。

^*異なるシートであれば同時起動可能です。

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Note:

License Agreement 3.3 Team License: A Team License permits a specified Authorized User to install and use the Software on up to 2 computers running any of the supported operating systems, provided that only one copy of the Software is running at any given time and that the same User Credential is not used by anyone other than the specified Authorized User. The Authorized User may also access Subscription Services through the Team License if supported in your geographical region.

参照: Geneious Terms and Conditions | Effective 19 March 2024

ライセンスキーはどのように確認しますか？

ライセンスキーは納品時に弊社より納品した登録確認書またはMy Account page (https://manage.geneious.com/auth/login)よりご確認頂けます。

アクティベーション解除（ライセンスリリース）はどのように行いますか？

Geneious を使用する予定がなくなった場合は、使用を停止するコンピューターのアクティベーションを解除する必要があります。アクティベーション解除には２つの方法があります。

My Account ページにログインして行う

My Account ページにログインします。ユーザーベースドライセンは My Account ページの Seats タブから、マシンベースドライセンスは Activation タブから行います。

Geneious Prime を起動してコンピューターから行う

Helpメニューから Release License(s) を選択し、ダイアログに表示される Release License ボタンをクリックします。

ご注意ください

• コンピューターからGeneiousをアンインストールしても、ライセンスはリリースされませんのでご注意ください。
• 一定期間に利用可能なアクティベーション解除の回数は限られています。ライセンスのリリースは必要な場合のみ行って下さい。

パーソナルライセンス

ユーザーベースドライセンスは30日ごとに2回、マシンベースドライセンスは１年ごとに2回のアクティベーション解除が可能です。

チームライセンス

ライセンス有効期間中（１年毎）1シートにつき、30日ごとに2回のアクティベーション解除が可能です。

グループライセンス

ライセンス有効期間中（１年毎）、シート数分のアクティベーション解除が可能です。

ファイル

Geneiousに対応しているファイルのフォーマットはどのようなものがありますか？

Geneiousでインポート可能なファイル形式は以下の通りです。

Format	Extensions	Data Types	Common Sources
BED	*.bed	Annotations	UCSC
Common Assembly Format	*.caf	Contigs	Sequencher
Clone Manager	*.cm5	Nucleotide sequences	Clone Manager
Clustal	*.aln	Alignments	ClustalX
CS FASTA	*.csfasta	Color space	FASTA ABI SOLiD
DNAStar	*.seq, *.pro	Nucleotide & protein sequences	DNAStar
DNA Strider	*.str	Sequences	DNA Strider
Embl/UniProt	*.embl, *.swp	Sequences	Embl, UniProt
Endnote (8.0) XML	*.xml	Journal article references	Endnote, Journal article websites
FASTA	*.fasta, *.fas, etc.	Sequences, alignments	PAUP*, ClustalX, BLAST, FASTA
FASTQ	*.fastq, *.fasq	Sequences with quality	Solexa/Illumina
GCG	*.seq	Sequences	GCG,
GCG codon usage table	*.cod	Codon usage table	GCG CodonFrequency tool
GenBank	*.gb, *.xml	Nucleotide & protein sequences	GenBank
Geneious	*.xml, *.geneious	Preferences, databases	Geneious
Geneious Education	*.tutorial.zip	Tutorial, assignment etc.	Geneious
GFF, GFF3, GTF	*.gff, *.gff3, *.gtf	Annotations	NCBI, Ensembl and other genome browser
MEGA	*.meg	Alignments	MEGA
Molecular structure	*.pdb, *.mol, *.xyz, *.cml, *.gpr, *.hin, *.nwo	3D molecular structures	3D structure databases and programs
Newick	*.tre, *.tree, etc.	Phylogenetic trees	PHYLIP, Tree-Puzzle, PAUP*, ClustalX
Nexus	*.nxs, *.nex	Trees, Alignments	PAUP*, Mesquite, MrBayes & MacClade
PDB	*.pdb	3D Protein structures	SP3, SP2, SPARKS, Protein Data Bank
PDF	*.pdf	Documents, presentations	Adobe Writer, LATEX, Miktex
Phrap ACE	*.ace	Contig assemblies	Phrap/Consed
PileUp	*.msf	Alignments pileup	(gcg)
PIR/NBRF	*.pir	Sequences, alignments	NBRF PIR
Qual	*.qual	Quality file	Associated with a FASTA file
Raw sequence text	*.seq	Sequences	Any file that contains only a sequence
Rich Sequence Format	*.rsf	Sequences, alignments	GCGs NetFetch
Comma/Tab Separated Values	*.csv, *.tsv	Spreadsheet files	Microsoft Excel
SAM/BAM	*.sam, *.bam	Contigs	SAMtools
Sequence Chromatograms	*.ab1, *.scf	Raw sequencing trace & sequence	Sequencing machines
SnapGene	*.dna, *.prot	Sequences, annotations, metadata	Geneious
Test/html	*.txt, *.rtf, *.html	Any text	Simple text editors
Variant Call Format	*.vcf	Variant calls/SNPs	Variant callers and databases
Vector NTI sequence	*.gb, *.gp	Nucleotide & protein sequences	Vector NTI
Vector NTI/AlignX alignment	*.apr	Alignments	Vector NTI, AlignX
Vector NTI Archive	*.ma4, *.pa4, *.oa4, *.ea4, *.ca6	Nucleotide & protein sequences, enzyme sets and publications	Vector NTI
Vector NTI/ContigExpress	*.cep	Nucleotide sequence assemblies	Vector NTI
Vector NTI database	VNTI Database	Nucleotide & protein sequences, enzyme sets and publications	Vector NTI

Geneiousでエクスポート可能なファイル形式は以下の通りです。

Data Type	Format
DNA sequence	FASTA, Genbank XML, Genbank flat, Geneious
Amino acid sequence	FASTA, Genbank XML, Genbank flat, Geneious
Chromatogram sequence	ABI, Geneious
Sequence with quality	FastQ, Qual, Geneious
Annotation	GFF, BED, VCF, Geneious
Multiple sequence alignment	Phylip, FASTA, NEXUS, MEGA3, Geneious
Assembly	Phrap ACE, Geneious, SAM/BAM, Geneious
Phylogenetic tree	Phylip, FASTA, NEXUS, Newick, MEGA3, Geneious
PDF document	PDF, Geneious
Publication	EndNote 8.0, Geneious
Graphs	CSV or WIG, or images

参照: Import and Export Sequence Data

サブスクリプションライセンスの更新をしない場合、ファイルは開けなくなりますか？

サブスクリプションライセンスの有効期限が切れた場合、Geneiousは制限付きモードとなります。 制限付きモードで利用できる機能は、自身が作成したデータの閲覧、インポート及びエクスポートのみとなります。

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ご注意ください
ライセンス有効期限の開始日は「納品日」となります。アクティベーション実施日が開始日とはなりません。 終了日は「納品日」から 1 年後となります。

操作方法

データベースフォルダとは何ですか？

データベースフォルダには、Geneious のデータや設定内容がすべて保存されています。

データのバックアップもデータベースフォルダが利用されます。

Note:

データベースフォルダの場所は Preferences の General タブにある Data Strage Location: で確認できます。

データベースフォルダの場所を変更した場合、どのようにフォルダの場所を指定しますか？

データベースフォルダの場所の指定は、Preferences ダイアログの General タブから行います。

メニューバーの Tools から Preferences を選択し、Preferences ダイアログを開きます。

General タブの Data Strage Location: のフィールドに該当するデータベースフォルダのパスを入力するか、Browse ボタンを使用してフォルダを指定します。

フォルダの場所を指定したら、OKボタンをクリックします。

RNA-Seqデータに対応していますか？

Geneious RNA assemblerを使用して、RNA-seqリードをゲノム参照配列にマッピングすることができます。 このアセンブラは、新規のイントロンを発見し、リードの末端をこれらの新規のイントロンの周辺に正しくマッピングし、参照配列上のCDS、mRNA、junctionアノテーションを介してリードをイントロンにマッピングすることも可能です。また、RNA-seqマッピングツールのTophatプラグインが用意されています。

トランスクリプトームのde-novoアセンブリには、de-novoアセンブリのオプションで利用できるSPAdesの使用をお勧めします。 これをRNAモードで実行するには、データソースとしてRNAを選択します。 SpadesRNAの詳細については、こちらの論文：rnaSPAdes: a de novo transcriptome assembler and its application to RNA-Seq data(Oxford University Press サイトに移動します）を参照してください。 Geneiousアセンブラーをde novoトランスクリプトームアセンブリーに使用することはお勧めしません。

Geneious R8以降から、デジタル遺伝子発現解析のためのツールが含まれています。個々のサンプルの参照マッピングに対して、正規化された発現指標であるTPM値、RPKM値、FPKM値を計算したり、2つのサンプル間で値を比較して、異なる発現遺伝子を見つけることができます。

個々のサンプルのTPM値、RPKM値、FPKM値を計算するには、リファレンスアセンブリを選択し、「Annotate and Predict」メニューの「Calculate Expression Levels」に進みます。結果は、ヒートマップアノテーショントラックとしてリファレンスシークエンス上に表示されます。

2つのサンプルコンディション間の発現量を比較するには、Geneiousの発現解析ツールを使用するか、各コンディションに複製がある場合は、GeneiousのDESeq2の実装を使用します。 これらのオプションは、「Annotate and Predict」メニューの「Compare Expression Levels」で利用できます。 2つのサンプルを比較するには、まず各サンプルレプリケート（同一の参照配列である必要があります）のリファレンスアセンブリでCalculate Expression Levelsを実行し、Saveをクリックして結果トラックを参照配列ドキュメントに適用します。次に、リファレンスシークエンスを選択して、「Compare Expression Levels」を実行します。

参照:Geneious FAQ: Can Geneious Prime handle RNA-Seq data?

プラグインはどこにインストールするのですか？

Geneious Primeには、さまざまなプラグインが用意されています。これらのプラグインは追加機能を提供するもので、Pluginメニュー（Tools→Plugins）からインストールすることができます。

インストールされたプラグインの場所は、そのプラグインの機能によって異なります。 例えば、ツリービルダー用のプラグイン（Phyml、Paup*、MrBayesなど）は「Tree」メニューのオプションとして表示され、GenBank送信用のプラグインは「Tools」メニュー（「Tools」→「Submit to GenBank」）から利用できます。 その他のプラグインは、特定のドキュメントタイプに関連付けられており、そのタイプのファイルを開いたときに機能が表示されます。 例えば、マイクロサテライトの機能は、Geneiousでマイクロサテライトのドキュメントを開いたときに表示されます。

参照:How do I install new plugins in Geneious Prime?