Geneious Prime 新機能
Geneious Prime 2025
Release notes for Geneious Prime | Version 2025 (October 31, 2024)
Geneious Prime 2025.0では、NGS配列のQCレポート、Geneious Cloud、BLAST配列検索の強化、クローニングシミュレーション、UXの強化などの新機能が追加されました。

次世代シーケンス(NGS) の QC レポート | QC Report for NGS Sequences
Babraham Bioinformatics社のFastQCツールを使用して計算された新しいQCレポートタブで、NGSデータ全体の品質をすばやく視覚化できます。

Geneious クラウド | Geneious Cloud
Geneious Cloud のパフォーマンスが大幅に強化され、共有オプションが改善されました。データのバックアップやコラボレーションがより効率的になりました。

Geneious2025 強化・追加された機能
機能 | Features
- BLAST配列検索の強化(BLAST Sequence Search Enhancements):
- NCBI BLAST ウェブサイトのフォームに選択した配列を事前に入力し、NCBI ウェブサイト上で直接 BLAST を実行するための新しいオプションが追加されました。
- 独自のデータベースに対してカスタムBLASTを実行したり、Geneious Prime内で直接NCBIサーバーに対してBLASTを実行するためのタブが追加されました。
- NCBI BLASTオプションのメッセージを更新し、大規模なクエリでレートが制限される可能性があることを示し、代替のBLASTメソッドを推奨します。
- Geneious Cloudの強化(Geneious Cloud Enhancements):
- ファイルのインポート、保存、削除、特に過去に閲覧したファイルを扱う際のパフォーマンスが大幅に向上しました。
- 組織全体の共有フォルダを簡単に確認できるようになりました。
- キャッシュサイズを指定するオプションが追加されました。
- NGSシーケンス の QC レポートの生成と表示(Generate and View QC Report for NGS Sequences):
- Babraham Bioinformatics の FastQC ツールを使用して、品質データを含む配列リストのレポートを計算します。
- シーケンスリストドキュメントで利用可能な新しいビューアタブでQCレポートを作成し、表示します。
- 配列データがトリミングされたり編集されたりした場合に、簡単に解析を再実行することができます。
- QCレポートをhtmlファイルにエクスポートして記録することができます。
- ワークフローを使用して、複数のドキュメントのQCレポートを一括作成できます。
- Dotmatics Lumaとのシームレスな統合(Seamlessly Integrate with Dotmatics Luma):
- Geneious Primeからフォルダパネルの新しいサービス経由でLumaにログインすることができます。
- Geneious Prime 内から Luma を検索し、Geneious Biologics からクローニング用挿入物として使用するシーケンスピックをダウンロードします。
- クローニング反応の詳細(バックボーン、パーツ、予測翻訳など)をLumaに送信し、登録とラボのワークフローに利用できます。
機能強化とユーザービリティの向上 | Minor Features and Usability Improvements
- CRISPR編集結果の解析(Analyze CRISPR Editing Results): バリアント解析パーセンテージの計算に含まれたリードの数を表示します。
- クローニング機能強化(Cloning Enhancements):
- クローニングパーツのアノテーションが「連結配列(Concatenated Sequence)」ではなく「フラグメント(Fragment)」タイプになりました。
- フラグメント(Fragment)アノテーションには、ほとんどのクローニングタイプの入力配列にジャンプするためのクリック可能なリンクが含まれます。
- 制限酵素によるクローニング、Golden Gate クローニングで内部カットをチェックする際に、メチル化されたカット部位を考慮するようになりました。
- Gibson/Homology アセンブリ または InFusionクローニングを実行する際に、プライマーの設計をオーバーラップしたインサート生成のためでははなく、合成配列(synthetic sequences)を使用する新しいオプションが追加されました。
- クローニングの検証 (Cloning Validation): リードを参照配列に割り当てる自動マッピング機能を改善しました。
- Sequence View:
- Circular overview が表示されている場合、Sequence View のデフォルト表示が 折り畳まれた Linear view に変更されました。
- アノテーションのない配列に新しいアノテーションが追加された場合、翻訳フレームが自動的に「Annotation or Selection」を使用するように設定されます。
- スタンドアロン配列から抽出されたアノテーションに、そのアノテーションが抽出された配列および配列内の領域に戻るクリック可能なリンクが含まれるようになりました。
修正とマイナーチェンジ | Fixes and Minor Changes
- コマンドラインインターフェイスス(Command Line Interface):
- ログレベルをINFOに設定するとGeneious Primeがクラッシュするバグを修正しました。
- 同じ共有データベースに複数の接続がある場合に警告するようになりました。
- Geneious内のドキュメントを入力または出力として使用する際のマッチングとエラーメッセージを改善しました。
- Geneious クラウド(Geneious Cloude):
- 空の名前またはバックスラッシュを含む名前のドキュメントをアップロードしようとすると、アップロードエラーが発生する問題を修正しました。
- フォルダの内容が部分的に表示されないことがあったバグを修正しました。
- ドキュメントの保存時にまれにフリーズすることがあった問題を修正しました。
- プライマーの読み込み中にフォルダが削除されると、多くのダイアログがポップアップすることがあったバグを修正しました。
- ログイン後すぐにクラウドからログアウトするとクラッシュすることがあった問題を修正正しました。
- 様々な場所で 「Cloud Database 」を 「Cloud Workspace 」に名称変更しました。
- ドキュメントの削除時に発生していた問題を修正しました。
- Geneious Biologics の顧客が Geneious Cloud を使用している場合、ログイン情報が記憶されないことがあった問題を修正しました。
- クラウドにログインした状態でデータディレクトリを変更するとエラーが発生することがあった問題を修正しました。
- Geneious サーバーデータベース (Geneious Server Database): ユーザーアカウントにサーバーログインが必要なオプション要件を削除しました。
- インポート (Import):
- SHEET要素の数が多いpdbドキュメントをインポートする際のエラーを修正しました。
- 大きなエクセルファイルのインポートができない問題を修正しました。
- GeneiousPrimeでGenBankフラットフォーマットの配列をインポートする際、LOCUS フィールドの日付を文書の更新日として設定するようにしました。
- Geneious PrimeでGenBankフラットフォーマットの配列をインポートする際に、LOCUS フィールドの日付を文書の更新日として設定します。
- BLAST XMLインポートで、クエリ中心のアライメントで配列名の代わりにNCBIクエリIDが使用されていたバグを修正しました。
- BLASTの結果をBLAST XMLフォーマットでインポートする際に、NCBIクエリーIDを別のメタデータフィールドとしてインポートするようになりました。
- ライセンス Licensing):
- 期限切れのサブスクリプションで Geneious Prime を実行する際のメッセージングを改善しました。
- ライセンス認証ダイアログで、「activate 」を複数回クリックすると、ダイアログが複数回表示される問題を修正しました。
- Geneiousのアクティベーションにメールサインインを使用した場合、登録が解除されることがあった問題を修正しました。
- ポータブルネットワークアダプタを使用している場合、Eメールサインインを使用してアクティベーションを行うと Geneious が登録解除されることがあった問題を修正しました。
- Sequence View:
- 環状配列のアノテーションが linear view で配列から外されて表示されることがあったバグを修正しました。
- マウスホイールによるズームが選択領域にズームされないことがあった問題を修正しました。
- 環状配列またはプライマーにオーバーハングがある配列でクロマトグラムが正しく表示されないことがあった問題を修正しました。
- 環状配列の原点を移動させると、正しく選択されないことがあった問題を修正しました。
- 共有データベース (Shared Database):
- デフォルトでMariaDBが提供するドライバを使用するようにMySQL接続を変更しました。
- geneious.properties経由で設定されたMySQL接続がカスタムドライバを必要とするバグを修正しました。
- ワークフローを作成し、BLASTオプションを編集する際に発生したクラッシュを修正しました。
- SPAdesの初回実行に失敗し、実行するために再度OKをクリックする必要がある稀なバグを修正しました。
- Geneious Prime Dev kitからantコマンドを実行する際に発生する'plugin-env.xml file missing'エラーを修正しました。
- 一部のユーザーがMacOS上でGenBankに配列を投稿できない不具合を修正しました。
- Cloning Validationツールで配列の表示に関する問題を修正しました。
- Mauveオプションをロードする際にハングすることがあった問題を修正しました。
- リストから配列を抽出する際にクラッシュすることがあった問題を修正しました。
- 編集可能なフィールドを使用するとまれにクラッシュすることがあった問題を修正しました。
- 配列長から外れた間隔の注釈を持つ円形配列でクローニングを実行すると失敗することがあったバグを修正しました。
- 大きなドキュメントを印刷するとページ番号が不正確になることがあったバグを修正しました。
- フォルダパネルでローカルデータベースに使用されるフォルダツリーアイコンを変更しました。
- グローバルアライメントで最適でないアライメントが生成されることがあったバグを修正しました。
- ヒット位置が配列の境界外で見つかる可能性があったバグを修正しました。
- 多くのノードが深く入れ子になっている系統樹でアラインメントビューを選択すると起こることがあった問題を修正しました。
- 特定のアラインメントへのアノテーション追加ができないことがあった問題を修正しました。
- 多くのサブフォルダがネストされたフォルダがデータベースに含まれていると起動時にクラッシュすることがあった問題を修正しました。
その他 | Other Notes
- Java: バンドルされているJREのバージョンを11.0.24(Mac版)、21.0.4(Windows版およびLinux版)に更新しました。
- BLAST+ツールのダウンロードURLをftp.ncbi.nlm.nih.govに更新しました。
- LinuxにおけるレガシーFlexnetライセンスのサポートを終了しました。
- DualBrothersプラグインのサポートを終了しました。
- SPAdesをv4.0.0に更新しました。
Geneious Prime 2024
Release notes for Geneious Prime | Version 2024 (05 December 2023)
Geneious Prime 2024.0では、クローニングバリデーション や De Novo Assembly 機能の向上、Map to Referenceアルゴリズムのアドバイザーの新機能が追加されました。
クローニングバリデーション | Cloning Validation
クローニングバリデーション機能が強化されました。プラスミドバッチ検証中に、メタデータ検証の追加、エクスポート、記録を半自動的に実施する機能が追加されました。

リファレンスマッピングアルゴリズム アドバイザー | Map to Reference Algorithm Advisor
データに最適なアルゴリズムを判断する際に有益なツールです。インタラクティブなクイズを使用して、適切なマッピングツールを提案します。

Geneious2024 強化・追加された機能
- 2023.11. -
機能 | Features
- クローニング検証(Cloning Validation:): 検証メタデータを追加、エクスポート、記録するための視覚的で半自動化された検証ツールです
- リファレンスへのマップ(Map to Reference/s ): インタラクティブなクイズ形式のガイダンスを行い、最適なアルゴリズム決定を提案します
機能強化とユーザービリティの向上 | Minor Features and Usability Improvements
- クラウドデータベース(Cloud Database): 詳細設定の SSL.CustomTrustedCertificates で設定されたカスタム SSL 証明書が正しく使用されるようになりました。
- De Novo アセンブリー(De Novo Assembly): インタラクティブなクイズ形式のガイダンスを行い、最適なアセンブラーを提案します
修正とマイナーチェンジ | Fixes and Minor Changes
- バックトランスレート(Back Translate): Fixed bug where it produces no results on some large sequence lists
- 一括リネーム(Batch Rename): Fixed rare hang when creating advanced batch renames
- CRISPR: Fixed the process to install and invoke Doench 2016
- クラウドデータベース(Cloud Database):
- 多数のフォルダを作成する際にクラッシュすることがあった問題を修正しました
- 一括リネームオプションの表示時にハングすることがあった問題を修正しました
- ログアウト後のログインにかかる時間を改善しました
- ログインエラーメッセージが完全に表示されないことがあった問題を修正しました
- ログインダイアログを早期に閉じるとクラッシュすることがあった問題を修正しました
- Custom BLAST:NCBIカスタムデータベースをインストールできないことがあるバグを修正しました
- DeSeq2: 複数のインターバルを持つアノテーションが正しく比較されない稀なクラッシュを修正しました
- 一般(General):Geneious Primeのシャットダウン時にまれに発生するクラッシュを修正しました
- インポート: エクセルファイルのインポート時に稀に発生する問題を修正しました
- Map to Reference:リファレンスへのマップ実行時に稀に起こるクラッシュを修正しました
- 検索 (Search): プラグインが削除されている場合、メニューを検索するとクラッシュすることがあったバグを修正しました
- 共有データベース(Shared Database):
- ネットワークに問題が発生するとGeneiousがフリーズするバグを修正しました
- 共有データベースに接続されているとき、Geneious Primeがシャットダウンしないことがあったバグを修正しました
- ドキュメントのインデックス作成の効率が向上しました
- Trim Ends: ワークフロー内でトリミングされた配列のトラックアノテーションが正しくなかった問題を修正しました
その他 | Other Notes
- Java: バンドルされているJREのバージョンを11.0.20.1+1に更新
Geneious Prime 2023
Geneious Prime 2023 Full Release Notes | Released 11/2022
Geneious Prime 2023では、プライマーデザインとクローニング機能が改良されました。プライマーの特異性テスト、クローニングの検証、RNA-seqのマッピングツール:STAR、CRISPRの改良などがハイライトとして挙げられます。
プライマー特異性テスト | Primer Specificity Testing
新しいプライマー特異性テストにより、ターゲットに特異的なプライマーをワンステップで設計できます。

クローニングバリデーション | Cloning Validation
プラスミドバッチ検証中に、配列アライメントを自動化するビジュアルツールが追加されました。

RNA-seqマッピングツール:STAR | STAR RNA-seq mapper
RNA-seqマッピングツール:STARを追加され、RNA-seqデータの高速なマッピングが可能になりました。

CRISPRの改良 | CRISPR Improvements
TTTV、NRG など新たにPAMを追加し、特異性テストに使用する配列を個別に選択できるようになりました。

Geneious2023 強化・追加された機能
- 2022.11. -
機能 | Features
- CRISPR:CRISPRサイト検索用PAMを追加しました
- クローニングバリデーション:プラスミド一括検証時の配列アライメントを自動化するツールを追加しました
- プライマー設計:プライマーの特異性テスト用ツールを追加しました
- STAR: 高精度なスプライシング配列アライメントを行うRNA-seqマッパー、STARを追加しました
- ワークフロー:複数の配列を個別の画像として一括エクスポートするワークフローを追加しました
機能強化とユーザービリティの向上 | Minor Features and Usability Improvements
- CRISPR:個々のオフターゲット配列の選択が可能になりました
- コマンドラインインターフェース:データベースフォルダを入力として使用できるようになりました
- Geneious Academy:ヘルプメニューに新しいGeneious Academyへのショートカットが追加されました
- その他一般:ネットワークデータベースで選択されたドキュメントの読み込みの進捗状況を報告する際に、ユーザーの操作がブロックされないようになりました
- プリプロセッシング:別途プラグインを追加する必要がなくBBDukが利用できるようになりました
- ユーザーインターフェイス:ドロップダウンがフィルタリングをサポートし、カスタム値の入力が可能な場合はより明確に表示されるようになりました
修正とマイナーチェンジ | Fixes and Minor Changes
- アノテーション:
- Paired Primer カラムを含むアノテーションテーブルをエクスポートするとクラッシュする不具合が修正されました
- アノテーションテーブルでdeleteを押すと、選択したアノテーションが削除されないことがある問題を修正
- Bowtie2:Bowtie2 2.4.5にアップデートしました
- CRISPR:CRISPR編集結果の解析に最大ギャップサイズオプションが追加されました
- コマンドラインインターフェース:ローカルデータベースのドキュメントが見つからないバグを修正しました
- ダークモード: Sequence Viewer の選択番号の色を明るくしました
- De Novo Assembly:最大ミスマッチの設定が 0 に設定されている場合に、ミスマッチを含む結果を生成することがあったバグを修正しました。
- De Novo Assembly と Map to Reference(s): メモリ不足になった後も継続して実行されることがありましたが、速やかに実行中止されるようになりました
- 一般:
- スペーサーが使用された際、連結されたファイル名が再フォーマットされます
- フォルダの作成または名前の変更で、無効なファイル名が使用された場合に別の名前を要求します
- ファイルメニューにPDFとして保存...オプションが追加されました
- 非常に大きなシーケンスリストを一括してリネームするとクラッシュすることがあった問題を修正しました
- ドキュメント保存のパフォーマンスを改善(特にネットワークデータベースにおいて起動時にシステム情報を収集するとまれにクラッシュすることがあった問題を修正
- 配列のグループ化:タンパク質配列とペアの塩基配列をグループ化する際にクラッシュすることがあった問題を修正しました
- MAFFT:MAFFTをバージョン7.490に更新しました
- MUSCLE:MUSCLEアルゴリズムをバージョン5.1に更新しました
- メモリ:一部の大規模データセットを扱う際のメモリ使用量を削減しました
- SPAdes:SPAdesをバージョン3.15.5へ更新しました
- Sample Document:サンプルドキュメントにSARS-CoV-2ゲノムを追加しました
- Sequence View:タンパク質配列ビューでズームインしたときに3文字アミノ酸をオフにするオプションを追加しました
- 共有データベース:デフォルトのmysql-connectorを8.0.28に更新しました
- 共有データベース:共有データベースのドキュメントのインデックス作成が、ドキュメントが破損しているために進まないバグを修正しました
- スタートアップ Geneiousの起動状況を表示するプログレスバーを追加しました
その他 | Other Notes
- 16S Biodiversity ツールは削除されました
- TopHat RNAseq mapper ツールは削除されました
Geneious Prime 2022.2
Geneious Prime 2022.2 Full Release Notes
Geneious Prime 2022.2 では、クローニングとデータインポートが改良されました。In-Fusionクローニング、プライマー伸長検出、タンパク質のパーツクローニングサポート、コマンドラインインターフェイスを使用したデータ同期などがハイライトとして挙げられます。
コマンドラインインターフェース | Command Line Interface
パイプラインのデータを直接Geneious Primeのローカルまたは共有データベースに同期(または共有データベースから)します。

In-Fusion クローニング | In-Fusion Cloning
最適化された設定により、ロースループットまたはハイスループットのIn-Fusion クローニングを実行します。

タンパク質のパーツクローニングサポート | Parts Cloning Support for Proteins
タンパク質のコンビナトリアルアセンブリにより、コンストラクトエンジニアリングのスケールアップが可能です。

プライマーエクステンションの検出 | Primer Extension Detection
インポート時にプライマーデータベースのエクステンションを自動で検出し、アノテーションを行います。

Geneious2022.2 強化・追加された機能
- 2022.6.17 -
機能 | Features
- CLI:ローカルデータベースからのファイルのインポートとエクスポートに対応
- CLI:共有データベースからのファイルのインポートとエクスポートに対応
- クローニング:In-Fusion クローニング機能を追加
- パーツクローニング:タンパク質ドキュメントのサポートを追加
- プライマーのインポート:適切にフォーマットされた配列が提供された場合、インポート時に自動的にプライマーの拡張子を注釈する機能を追加
機能強化とユーザービリティの向上 | Minor Features and Usability Improvements
- 3D Proteinビューア:Jmolをバージョン6に更新
- クローニング:
- 一括操作時の入力検証を改善
- クローニングオプションダイアログの改善
- クローニング操作の配列リスト結果の命名方法の改善
- その他、様々なUI/UXの改善
- ユーザーインターフェイス:
- 10個以上の値を持つコンボボックスコンポーネントにフィルター機能を追加
- ドキュメントおよび注釈テーブルにフローティングネーム列を追加
修正とマイナーチェンジ | Fixes and Minor Changes
- アドバンスト・プリファレンス;高度な環境設定テーブルの値が変更後に再ロードされない問題を修正
- 参照配列へのVariants適用:カバレッジの低い領域をNでマスクするオプションを追加
- 自動アップデート:自動更新のダイアログが正しく表示されない不具合を修正しました
- BLAST:
- BLASTワークフローにおいて、あるBLASTタイプのオプションを変更すると、他のBlastタイプのオプションにも影響する不具合を修正
- クロマトグラムビューワー:一部のカラースキームで、線と文字の色が正しく表示されない不具合を修正
- クローニング:
- クローン作成結果の名前に間違った挿入順が含まれていたバグを修正
- 制限クローニングで挿入を並べ替えると稀にクラッシュする問題を修正
- 大規模データセットでのオペレーションを高速化
- Golden Gateクローニングで配列リストが正しく反転されるよう修正
- Golden Gateクローニングで配列リストが正しく作成されるよう修正
- コマンドラインインターフェイス
- コマンドラインにインストールIDを表示するパラメータ --installationId を追加
- CRISPR
- プリインストールされているpython3の検出を改善
- 配列リストに対してFind CRISPR Sitesを実行した際に、アノテーションの色が表示されない場合があった問題を修正
- 互換性のないバージョンのpythonをインストールできないように改善
- データベース
- ローカルデータベース内の複数のドキュメントやフォルダーをコピーする際のパフォーマンスを改善
- 一般
- すべてのパスワードフィールドのテキストを非表示/表示するボタンを追加
- 管理者が任意のプラグインを無効化できる機能を追加
- Ctrl+ドラッグ(またはalt+ドラッグ)した書類を同じフォルダに移動し、「Replace」を選択すると、その書類が削除されることがあったバグを修正
- Geneious をアンインストールできないことがあった問題を修正
- クラッシュ情報を収集する際にまれにクラッシュすることがあった問題を修正
- インポート/エクスポート:
- Grammarly Desktopがインストールされているか、システムの画面ズーム設定が有効な場合に、ドキュメントおよびフォルダ選択ダイアログが表示されないというバグを修正
- 不正なメタ情報データを含むvcfファイルをインポートするとまれにクラッシュする問題を修正
- GFFおよびBEDファイルフォーマットでエクスポートする際に、配列注釈を配列開始インデックスでのソートが可能になりました
- コメントでメタデータを持つ配列をインポート時にグループ化できるようになりました
- コドンの最適化:配列リストに対して最適化コドンを実行すると、まれにクラッシュすることがあった問題を修正
- プラグイン:他のプラグインに依存しているプラグインを無効化すると、起動に失敗する問題を修正
- プラグイン開発キット:
- Geneious の標準的なログに簡単にアクセスできる Logs クラスを追加
- ラッパープラグインから複数のファイルをインポートする際に発生したクラッシュを修正
- Public API: 非推奨のメソッドをマーク
- シークエンスビュー
- シーケンスビューからすべてのアノテーションが消えてしまうことがまれにある問題を修正
- 読み取り専用のアノテーションの変更を取り消すとまれにクラッシュする不具合を修正
- ユーザーインターフェイス:
- ダークモードで表示した場合、クローンレポートのテーマが薄くなる不具合を修正
- ライトモードでドラッグ&ドロップを行うと正しい色が表示されないというバグを修正
- テーブルのサイズを変更したとき、文書テーブルのテキストが複数行のテキストとして表示される場合があるというバグを修正
- テキストビューで一部の注釈が表示されないというUIエラーが発生する不具合を修正
Geneious Prime 2022.1
What's New in Geneious Prime 2022.1 | Geneious 2022.1新機能
Geneious Prime 2022.1では、ハイスループットクローニングワークフローの効率化が図られています。部分的クローニング、Golden Gateの一括クローニング、Excelからのプライマーインポートなどが含まれます。
部分的クローニング | Parts Cloning
部分的クローニングのサポートが追加され、パーツリストから可能な限りの組み合わせを結合し、クローニングのスループットを向上させることができます。この新しい操作は、ツールバーのクローニングメニューから行うことができ、一般的な合成ワークフローにも使用することができます。

Golden Gate の一括処理 | Batch Golden Gate
シーケンスリストを利用してGolden Gateクローニングを一括で行うことで、1つ1つの操作を省略することができます。

Excel からプライマーをインポート
Excel に保存されたプライマーデータベースを簡単にインポートして特性評価を行い、Test with Saved Primers などのプライマーツールをフル活用することができます。このオプションは、ツールバーのPrimersメニューの下にあります。

Geneious2022.1 強化・追加された機能
- 2022.2.15 -
機能 | Features
- Golden Gateの一括処理:Golden Gateクローニングで、同一方向の配列が含まれるListドキュメントを理解できるようになりました
- 部分的なクローニング:既存のパーツから配列の組み合わせを生成するパーツクローニングをサポートする機能が追加されました
- Excelからプラーマーをインポート:エクセルファイルから配列をインポートできるようにアップデートしました
機能強化とユーザービリティの向上 | Minor Features and Usability Improvements
- ダークモード:ユーザーエクスペリエンスを向上させるために多くの小さな調整が行われました
- De novoアセンブリ:Geneious de novoアセンブリにおいて、特にハイカバレッジデータセットでのパフォーマンスが向上しました
修正とマイナーチェンジ | Fixes and Minor Changes
- Blastによるアノテート:複数のシーケンスに対して同時にオペレーションを実行するとクラッシュすることがあった問題を修正しました
- 自動アップデート:自動更新のダイアログが正しく表示されない不具合を修正しました
- BLAST:
- Custom BLASTにおいて、データベース名にスペースが含まれる場合、完全な配列が取得できない不具合を修正しました
- BLAST+ 2.12.0にアップデートしました
- コマンドラインインターフェース:
- 複数の結果ドキュメントを個別のファイルとして書き出す --multi-file/-m アドバンスフラグを追加しました
- 一部のヘッドレスLinux環境でCLIがクラッシュすることがあったバグを修正しました
- 無関係なエラーメッセージが表示されることがある不具合を修正しました
- include-id "コマンドを基本ヘルプから詳細ヘルプに移動しました
- バックトランスレート:タンパク質リストで "選択された領域" を使用してこの操作を行うとクラッシュする問題を修正しました
- ダークモード:テーマを切り替えた後に再起動するとハングアップする macOS の稀なバグを修正しました
- 消化による断片化: 消化されたアノテーションが適切な間隔でフラグメントの長さに切断されるようになりました
- Gatewayクローニング:Att Site Finderの精度が向しました
- Geneiousサーバー:終了したリモートジョブの進捗が完了として設定されない稀なバグを修正しました
- コドンの最適化:一部の読み取り専用の注釈が最適化されたドキュメントに転送されるバグを修正しました
- インポート:
- SnapGeneからエクスポートされたファイルは、「Exported」ではなく、その名前もインポートされるようになりました
- 非常に深い分岐を含む系統樹データのNewick形式ファイルをインポートする際のバグを修正しました
- コドンの最適化:一部の読み取り専用の注釈が最適化されたドキュメントに転送されるバグを修正しました
- オプションプロファイル:オプションプロファイルを復元できない場合、サイレントエラーではなく、エラーメッセージを表示するようになりました
- プライマー:
- DNAプローブのアノテーションでフィールドが欠落していたバグを修正しました
- オリゴ配列に変換された編集済み配列がドキュメントパネルで融解温度を更新しないバグを修正しました
- 「Test with Saved Primers」操作において、不一致のプライマーがマージされることがあるバグを修正しました
- シークエンスビュー
- 抽出または翻訳後、ソース配列上で選択した内容が保存されないバグを修正しました
- 読み取り専用のアノテーションの変更を取り消すとまれにクラッシュする不具合を修正しました
- その他の注意事項:
- Java - バンドルされているJREのバージョンを11.0.14+9に更新
Geneious Prime 2022
What's New in Geneious Prime 2022 | Geneious Prime 2022 新機能
Geneious Prime 2022では、解析機能の強化、より使いやすいインターフェースデザイン、配列解析の効率化が行なわれました。BLASTによるアノテーション、コマンドラインインターフェース、ダークモード、最適化されたコドンの適用と取り消し(revert)ができるようになりました。
BLASTによるアノテーション
BLASTを利用して、ORFs、CDS、mRNA領域に自動的に注釈をつけることができます。

ダークモード
Geneious Primeをダークモード(β版)にして利用できます。

最適化されたコドン
最適化されたコドンを簡単にシークエンスに追加・削除できます。

ドキュメントテーブルのオーガナイズ
複数の列を選択でき、整理をすばやく行うことができます。

塩基の不一致のハイライト表示
クロマトグラムの中にみられる塩基のミスマッチをハイライト表示します。

Geneious2022強化・追加された機能
- 2021.10.12 -
機能 | Features
- BLASTによる注釈:BLASTを使用して配列の領域に注釈をつけるオプションを追加
- コマンドラインインターフェース:ver.2022.0をリリース
- ダークモード:ダークモード(β)テーマの追加 - Preferencesでオンにすることができます
機能強化とユーザービリティの向上 | Minor Features and Usability Improvements
- 高度な環境設定:フィルタの追加
- クロマトグラムトレース:ベースコールに一致しないトレース領域をハイライトするオプションの追加
- 実験用の機能:
- 「Search Everywhere(あらゆる場所を検索)」とアノテーション編集中のフィルタリングの新機能を Preferences の Experimental Features」セクションに追加しました。
- コドンの最適化:アノテーションのコンテキストメニューに最適化されたコドンを適用/戻すオプションを追加
修正とマイナーチェンジ | Fixes and Minor Changes
- アライメントビュー:
- アラインメントから配列を抽出する際にクラッシュする場合があった問題を修正
- 選択時の特徴:
- 選択したプライマーペアが同じ方向を向いている際に生じるクラッシュを修正
- 選択したプライマーが同じ方向を向いている場合にペアとしてテストするオプションを削除
- コンティグビュー:
- コンセンサス配列の計算が終了する前に領域を選択するとハングアップする不具合を修正
- 非常に高いカバレッジのコンティグを行った際に見られるパフォーマンスの低下を修正
- De novoアセンブリ:
- Stopボタンを押した後にまれにクラッシュすることがあった問題を修正
- ドキュメントビュー:
- ドキュメントビューの切り替え時にまれに発生するクラッシュの修正
- カラムの preference ボタンをステータスバーに移しメニューレイアウトを再設計
- エクスポート:
- csvドキュメントのエクスポート時にまれにクラッシュすることがあった問題を修正
- Windowsで、エクスポートダイアログが不定期にハングすることがある問題を修正
- 一般
- ドキュメントが選択されるべき時に選択されないことがあるバグを修正
- ハードウェアの不具合を検出し、クラッシュすることなく問題を説明するメッセージを表示するように改善
- ファイル同期フォルダに格納されたローカルデータベースフォルダの検出を改善
- インポート:
- newick形式の属性を持つツリーファイルをインポートする際のバグを修正
- Zipファイルのインポートの機能強化 -Zipファイルのインポート(Geneiousがサポートするあらゆる形式のファイルを含む)が、拡張子が'.zip'から'.geneious'に変更されたファイルでも動作するようになりました
- ライセンス:フローティングライセンスマネージャーの詳細を管理者プロパティで設定できない不具合を修正
- MapからReferenceへの切替:循環参照配列の原点に大きなギャップがあると、まれにクラッシュする問題を修正
- Metadata Importer: 共有データベースのエイリアス文書でカラムマッチが機能しない問題を修正
- オペレーティングシステム
- macOS スイッチアウトしたユーザーが Geneious Prime をバックグラウンドで開いている場合に発生する FlexNet グループライセンスのアクティベーションの問題を修正
- macOS: default_user_preferences.xml が ~/Library/Application Support/Geneious/ ディレクトリからロード可能になりました
- macOS: geneious.properties が ~/Library/Application Support/Geneious/ ディレクトリからロードできるようになりました
- シーケンスビュー:
- メタデータフィールドが重複している場合、注釈名のコピーでクラッシュする不具合を修正
- プレビューボックスに表示されるプライマーのTmが不正確な場合があるのを修正
- Pair Selected Primers使用時にまれに発生するクラッシュを修正
- マウスで選択端を調整した後、add primer annotation(プライマーアノテーションを追加する)ボタンが正しく表示されるように修正
- ユーザーインターフェース:ボタンにドロップダウン矢印を追加
- バーチャルゲル:
- スーパーコイルDNAが線状で表示される場合の表示追加
- レーン数が多い場合に印刷プレビューダイアログと「画像に保存」でクラッシュする不具合を修正
- その他の注意事項:
- Java - バンドルされているJREのバージョンを11.0.12+7に更新
- Java - Geneiousとプラグイン開発キットはJDK 11を使用するようになりました