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SnapGene
SnapGeneラーニング:In-Fusion®クローニング
製品トライアル版SnapGene Viewer

  

In-Fusion®クローニング

SnapGeneは各種クローニング法をシミュレーションすることが可能です。このチュートリアルでは In-Fusion®クローニングのシミュレーションをご紹介します。

1. 【準備】配列を入手する

今回は、pCDNA3.1に Luciferase 遺伝子をクローニングするというシミュレーションを行います。使用するデータを下記よりダウンロードしSnapGeneで読み込み保存します。ファイルの読み込みはSnapGene基本操作:3.ファイルを読み込むを参照して下さい。

pcDNA3.1+ C-Myc Sequence and Map
Mammalian expression vector with a CMV promoter for expressing C-terminally Myc-tagged proteins.

www.snapgene.com

ルシフェラーゼ遺伝子の配列は、pGL3-Promoter を使います。

pGL3-Promoter Sequence and Map
SV40 promoter-containing vector for measuring the activity of enhancer sequences with a luciferase assay.

www.snapgene.com

2. In-Fusion®クローニング

ツールバーにある「アクション」から「In-Fusion®クローニング」を選択して、「断片を挿入」をクリックしてください。

SnapGene In-Fusion®クローニング_断片を挿入

「ベクター」タブで置換したい部分を選択し、「断片」タブで挿入したい部分をクリックします。ここでは、MCS(895 - 985 bp) と Myc (986-1015 bp) の塩基配列を選択します。

SnapGene In-Fusion®クローニング_ベクター

「断片」タブを選択し、右側の「断片のソース」のドロップダウンリストから pGL3-Promoter.dna を選択し、マップ上で挿入したい部分をクリックします。ここでは Luciferase (895 - 2547 bp) を選択します*

*pGL3-Promoter.dna ファイルをダウンロードしたのみでSnapGeneで読み込んでいない場合、ドロップダウンリストに pGL3-Promoter.dna は表示されません。ドロップダウンリストに表示されていない場合は、ブラウズをクリックしダウンロードしたファイルを選択下さい。

SnapGene In-Fusion®クローニング_断片

「産物」タブを選択し、右側の「オーバーラップしているPCRプライマーを選択」をクリックします。

SnapGene In-Fusion®クローニング_産物_オーバーラップしているPCRプライマーの選択

Tm値やオーバーラップする塩基数を設定して「プライマーを選択します」をクリックします。

SnapGene In-Fusion®クローニング_産物_PCR設定

シークエンスビューでクローニング後の配列を確認したり、プライマービューで実際に使用するプライマーの配列を確認しすることができます。

SnapGene In-Fusion®クローニング_産物_産物作成

SnapGene In-Fusion®クローニング_産物_産物作成

シークエンス、プライマーに問題がなければ、右下の「産物作成」に任意のファイル名(今回は “pCDNA3.1-Luc” )を入力し、「クローン」ボタンをクリックします。

SnapGene In-Fusion®クローニング_産物_産物作成

pCDNA3.1-Luc.dna ファイルが作成され、In-Fusion® クローニングを用いたプラスミドマップがマップビューに表示されます。

マップビューおよびシークエンスビューで、 pcDNA3.1+/C-Myc(MCS)に Luciferase遺伝子 がクローニングされていることを確認できます。

SnapGene In-Fusion®クローニング_産物_プライマービュー

 

履歴ビューからは、In-Fusion®クローニングの過程を、マップ形式/テキスト形式で確認できます。

SnapGene In-Fusion®クローニング_履歴

SnapGene In-Fusion®クローニング_履歴

新たに作成したプラスミドマップは保存されていませんので、任意のフォルダの保存するのを忘れないようにしてください。

チュートリアルで紹介した機能や操作方法に関するお問い合わせはお問合せフォームよりお願いします。