SnapGeneラーニング
プラスミドマップの表示やプラスミドマップ作成方法、SnapGeneのステップ・バイ・ステップガイドから「SnapGene基本操作」「カスタムフィーチャータイプ」をを抜粋し紹介しています。
SnapGeneステップ・バイ・ステップガイドは、専用ページにアクセス頂きご利用いただくオンラインによるガイドです。こちらよりガイドの目次をご覧いただけますのでご参照下さい：SnapGeneステップ・バイ・ステップガイド目次
プラスミドマップ
プラスミドマップの作成
このチュートリアルでは配列情報からプラスミドマップを作成する方法を学びます。
塩基配列（DNAシークエンス)を入力し、プラスミドマップを描画する方法のほか、酵素の選択、プライマーの編集、フィーチャーの編集機能についても説明しています。
プラスミドデータの取得とマップの表示
ダウンロードしたデータファイルを SnapGene で開き、プラスミドマップを表示する方法を学びます。
GSL Biotech社のウェブサイトで提供されているプラスミドファイル、NCBIから .gbファイルをダウンロードする方法の2つを紹介しています。
スタートアップガイド
SnapGeneステップ・バイ・ステップガイドの「スタートアップガイド」より一部抜粋して紹介しています。
SnapGene基本操作
実際のデータを用いて、データの読み込みからツールバーの機能、塩基配列を確認や編集までSnapGeneの基本的な使い方を学びます。
チュートリアルで使用するプラスミドの配列データは、GSL Biotech社のウェブサイトよりダウンロードできるようになっています。ぜひ、実際のデータを使用しチュートリアルの手順通りに操作してみて下さい。
アガロースゲル電気泳動像
制限酵素処理したプラスミドをアガロースゲル電気泳動した場合に、どのようなバンドが出現するかをシュミレーションすることができます。
チュートリアルではアガロースゲル電気泳動像のシミュレーションを行う方法を紹介しています。
カスタムフィーチャータイプ
SnapGene6より、フィーチャータイプのカスタム編集が可能になりました。これにより実験者の好みや表現の幅に沿った配列編集が可能になりました。
カスタムフィーチャータイプはインポート・エクスポートして、他の人や他のコンピュータと共有することも可能です。
クローニングチュートリアル
SnapGeneステップ・バイ・ステップガイドの「クローニングチュートリアル」より一部抜粋して紹介しています。
In-Fusion®クローニング
チュートリアルではpCDNA3.にLuciferase遺伝子をクローニングするというシミュレーションを通して、In-Fusion®クローニングのシミュレーションを紹介します。
チュートリアルで使用するデータは、GSL Biotech社のウェブサイトよりダウンロードできるようになっています。ぜひ、実際のデータを使用しチュートリアルの手順通りに操作してみて下さい。
Gibson Assembly®
このチュートリアルでは、Gibson Assembly®（制限酵素を使わずにプラスミドを構築する方法の1つ）をシミュレーションする方法をご紹介します。
Gibson Assembly®は、制限酵素を使わずに目的断片をプラスミドにクローニングする方法です。DNAをPCRで増幅し、その末端にオーバーラップする領域を作ります。少々複雑ですが、SnapGeneを使えば、この方法を可視化することができます。
SnapGene Cloning チュートリアルビデオ
GSL Biotech社のウェブサイトには、上記でご紹介した「In-Fusion クローニング」や「Gibson Assembly」のチュートリルを含む、SnapGene クローニングツールに関するチュートリアルビデオが用意されています。チュートリアルビデオもぜひご活用下さい。
CRISPR: PAMサイトの検索とgRNAの設計
CRISPR-Cas9システムは、細菌においてウイルスなど遺伝的要素の侵入物を特異的に排除するよう進化した獲得免疫機構です。この機構を利用して、二本鎖DNAを切断してゲノム配列の任意の場所を削除・置換・挿入することができるようになりました。
大きな配列からgRNAの候補を検索し、それらをスコア化するにはオンラインのgRNAデザインツールを使用する必要があります。しかし、比較的小さな配列でゲノムターゲットが限定されている場合は、SnapGeneを使用してgRNAを設計することができます。
チュートリアルでは、SnapGeneでPAMサイトの検索とgRNAの設計を行う方法をご紹介します。
Resources
www.snapgene.snapgene.com/resources
SnapGeneの操作方法やSnapGeneクローニングツールに関するラーニングビデオをGSL Biotech社のウェブサイトよりご覧頂けます。SnapGeneのウェブサイトから色々なプラスミドの配列データを入手することができます。GSL Biotech社のウェブサイトもぜひご活用ください。
Resources
リソース
SnapGeneのインターフェイスやツールバーの機能紹介、基本的な操作方法、SnapGeneクローニングツールに関するチュートリアルビデオをご覧いただけます。
Coronavirus Resources
新型コロナウィルス感染症(COVID-19）関連リソース
SARS、MERS、COVID-19などの一般的なコロナウイルスのゲノム、およびSARS-CoV-2ゲノムのプライマーとプローブをダウンロード頂けます。
Plasmid Maps and Sequences
プラスミドマップとシーケンス
様々なプラスミドの配列データファイルを用意しています。これらのファイルはSnapGene Veiwerでも開くことができます。
User Guides
各種ガイド
オンラインによるユーザーガイド、FAQ、サーバーガイドを提供しています。各種ガイドは全て英語のみでの提供となります。
SnapGene Viewer
GSL Biotech社が提供しているSnapGene Veiwerで、GSL Biotech社のウェブサイトで提供しているプラスミドの配列データファイルの利用およびプラスミドマップの作成が可能です。SnapGene Viewerには機能制限がありますが、期間の制限なく無償でご利用頂けます。SnapGene（製品版)とSnapGene Veiwerの機能の相違は機能比較をご参照ください。