医学統計ソフトGraphPad Prism10

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GraphPad Prism10 アップデート

2024/8/1 に GraphPad Prism 10.3.0 がリリースされました。GraphPad Prism10 または サブスクリプションライセンスをお持ちの方は、無料で最新のバージョンにアップデートすることが可能です。

サンプルサイズと検出力分析

Prism Cloud Workspace^* からサンプルサイズの計算と検出力分析を実行できます。実験に必要なサンプルサイズを決定したり、サンプルサイズ、検出力、効果量の関係を調べることができます。

* Welcome to GraphPad Prism ダイアログの CREATE から Sample Size and Power を選択し、Start Analysis ボタンをクリックすると、Prism Cloud Workspace の Powere Analysis にアクセスすることができます。

Prism Cloud Workspace にアクセスするには、 Prism Cloud Workspace のアカウントを設定しサインイン状態にしておく必要があります。アカウントの設定方法については、Prism Cloud にはどのように接続（サインイン）しますか？

CLD（コンパクトレター表示）機能

GraphPad Prism9 に追加された Stars on Graph（スターズオングラフ）機能は、グラフにアスタリスクやP値を追加する機能です。ワンクリックでペアごとの比較がグラフに追加され、データを変更すると自動的にグラフにも更新されます。

One-Way ANOVA（一元配置分散分析）およびTwo-Way ANOVA（二元配置分散分析）は、グループの数によって多くの比較が行われます。Stars on Graph 機能を利用し、これらの比較をグラフ上にブラケットやアスタリスクで要約すると、多くのスペースがとられ結果の解釈が難しくなってしまいます。

CLD（コンパクトレター表示）機能を利用すると、ブラケットやアスタリスクが各グループに割り当てられた文字に置き換わります。もし2つのグループに共通の文字があれば、これら2つのグループ間の比較は統計的に有意ではないと判断することができます。2つのグループに共通の文字がない場合、これら2つのグループ間の比較は統計的に有意であることがわかります。

グラフ・インスペクター

Prism10 に新たに搭載された「グラフ・インスペクター」は、多変量データテーブルのサイドパネルとして表示されます。グラフインスペクターから、グラフの外観やデザインを素早く変更し、変更をリアルタイムで確認することができます。1つのデータポイントを選択してハイライトし、ハイライトされた箇所のプロパティをテーブルから表示する機能や、再度クリックしてグラフ上の対応するポイントグループをハイライトすることも可能です。

レスポンシブ P値

GraphPad Prism のアルファ閾値は 0.05 がデフォルトの値となっており、結果シートに表示される P値のサマリー（P value summary） は下記の規則に従って出力されます。

ns ：P値は 0.05 より大きい
* ：P値は 0.01 より大きく 0.05 以下
** ：P値は 0.001 より大きく 0.01 以下
*** ：P値は 0.0001 より大きく 0.001 以下
**** ：P値は 0.0001 以下

目的によってはアルファ閾値を 0.05 以外にして検定を行う場合がありますが、この際にアスタリスクの解釈に相違がでることが考えられます。例えばアルファ閾値を 0.01とすると、0.032 のP値のサマリーはアスタリスク（*）が１つ割り当てられます。どの閾値が使われたかについての追加情報がなければ、見る人によってはこの1つのアスタリスクを、「P値が選択された閾値より低かった」と解釈するかもしれません。しかし、実際に使用された閾値は 0.01 ですので真実とはいえません。

また、多重比較を補正する方法で FDR を使用する場合、常にレスポンシブ P 値サマリースタイルが適用されるようになり、フローティングメモで追加されたアスタリスクの解釈が説明されるようになりました。

この問題を解決するために導入されたのが、レスポンシブに対応するP値スタイル「One or None：P > alpha (ns), P ≤ alpha (*) 」です。この新しい One or None スタイルでは、多重比較における特定のアルファが、P値にアスタリスクを付けるかどうかを決定するため常に使用されます。そして、アルファ値が変更された場合、アスタリスクの割り当てが再評価されます。

One or None スタイルを選択すると、P値がそのアルファ閾値より小さい場合はアスタリスクが1つ割り当てられ、それ以外の場合は割り当てられないため、P値サマリーのアスタリスクの解釈が容易になります。この新しいP値サマリースタイルは、P値サマリーが使われる全ての分析で利用でき、FDR法を使用して補正された多重比較に常に使用されます。

2-way ANOVA 多重比較：新しいオプション

多重比較の指定方法として、行内の比較と列内の比較を同時に見るという方法がよくあります。以前のバージョンでは、これらの比較を別々に行う必要がありましたが、Prism 10では行内と列内の比較を同時に実行できるようになりました。

また、比較する項目を指定する機能も新たに導入されました。

Prism Cloud ワークスペース

すべてのPrismサブスクリプション^*に対して、Prism Cloud ワークスペースが自動的に生成されます。Prism Cloud ワークスペースにアクセス後、Prismファイルを開いて Prism Cloud ツールバーアイコンをクリックするだけで、Prism Cloud 上で公開することができます。

ワークスペースの他のメンバーとファイルを共有したり、他の Prism Cloud ユーザーを招待してファイルを共有することができます。また、公開されたプロジェクト内でディスカッションを行うことで、他のユーザーから直接フィードバックを受けることができます。

フック（Hook）機能の強化

Prismでは、ある解析結果を他の解析のパラメータダイアログやグラフ作成ダイアログに「フック（Hook）」し、フックした値をその解析やグラフの選択で使用することができます。分析結果やグラフがすべてリンクされたままなので、フックによって紐づいたデータが編集されたり、分析パラメータが変更されると結果やグラフが自動的に更新されます。

Prism 10では、以前のバージョンよりも多くの値を使用することができるようになりました。Prism 10 で非線形回帰を実行した場合、Hook ダイアログで利用できる値は以下の通りです。

また、2-way ANOVA（二元配置分散分析）などの解析結果も フック（Hook）できるようになりました。利用できる解析結果は以下の通りです。

GraphPad Prismの非線形回帰機能

カーブフィッティングはデータ分析の際に重要なツールとはいえ、必要以上に複雑になってしまうことがあります。GraphPad Prismには様々な曲線の計算式が用意されており、計算式を選択した後はPrismがカーブフィットを行います。また、Prism を利用すれば、標準曲線から補間して未知の値を求めることも簡単です。

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NIST（米情報標準技術局）では、統計解析ソフトウェアの信頼性を検証するテストプログラムおよびデータセット群(StRD）が提供されています。NISTの公開しているデータセット群を使い、Prismの非線形回帰（カーブフィッティング）に関する演算能力のテストを行ったところ、Prismによる非線形回帰の結果は、NISTのガイダンスにほぼ準拠する結果がでています。詳細は  FAQ: Prismの非線形回帰機能の妥当性は？をご参照下さい。

ラーニングページにて非線形回帰機能の紹介をしています

統計ガイド・フィッティングガイドより抜粋したチュートリアルを、Prismラーニングページよりご覧いただけます。

Prism製品カタログ

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