この問題は、Keynote 6で確認された問題で、他のバージョンでは問題はありません。
PrismのSendボタン(と、コマンド)で、1クリックでKeynoteやPowerpointにグラフまたはレイアウトを送ることが出来ます。 KeynoteやPowerpointが起動していないときは、Prismはそれらのアプリを起動し、新しいスライドを作成し、Prismのグラフ背景と同じになるようにその背景を変更し、グラフやレイアウトを挿入します。
Keynote 6 は2013年10月にMavericksと同時にリリースされ、 PrismはKeynote 6 が起動していなくても、起動することは出来ますが、新しいスライドを自動的に作成したり、Sendボタン(と、コマンド)でグラフを挿入することはできません。
現在GraphPad社では原因を調査していますが、Prismでこの問題に対応できるか、あるいは、Appleから何かしらの対応があるかは不明です。
この問題を回避するには、手動で新しいスライドを作成し、グラフやレイアウトを一旦クリップボードへコピーしてから、Keynote 6へ貼り付けてください。