カテゴリー別アーカイブ: Mac版

0110 GraphPad Prism Mac 6.0gでの変更修正について

このリリースでは多数の不具合が解決されていますが、以下に修正された重要な不具合について概要を記載します。 

※Mac版 Prismは、バージョン 6.0eからバージョン 6.0gへアップデートされました。6.0fはリリースされておりません。

 

分析機能で修正されたバグ

  • Spearman相関からのP値の計算のバグが修正されました。Rsが負の値で、いくつかの値がタイ値で、厳密なP値が計算されている場合のみ分析に影響がありました。
  • P値が正しい値よりわずかに小さくなる場合がある、Mann-Whitney検定のバグが修正されました。
  •  感度と特異度の信頼区間は、たとえ他の信頼水準を選択したとしても、常に95%の信頼区間でした。
  • 標準の80%、90%、95%、98%、あるいは99%の信頼水準を選択せずにユーザー独自の水準値を指定したとき、オッズ比の信頼区間、比率間の相対リスクと差異は空白になっていました。
  • D’Agostino-Pearson正規性検定でデータセットに問題があった場合、K2値は空白でした。
  • ‘Substrate Inhibition’ の数式で表示される概略グラフは、正しくありませんでした。
  • 1-way ANOVAに続いて、比較するために列のペアを選択したい場合、Prism 6では19ペアまでしか選択できませんでしたが、40ペアまで選択可能になりました。
  • 非常にまれなケースですが、非線形回帰によるフィットで標準誤差が負の値で出力されることがあります。正しい標準誤差値は、出力された負の値の絶対値です。
  • ユーザー定義の関数を入力するとき、常用対数(基数 10の対数)をlog10(Y)あるいはlog(Y)と表わすことができるようになりました。以前のバージョンでは、log(Y)だけが可能でした。
  • Deming回帰でゼロ以外のX値でのY切片を求めたとき、結果は正しくありませんでした。
  • 微分数式により定義されたモデルによる非線形回帰フィットの、複数のバグがフィックスされました。
  • 生存率分析で、データテーブルが60,000行を超えると 空の結果を出力しました。

Yosemiteだけで確認されたバグの修正

  • Yosemiteで2本の指によるトラックパッドでの拡大/縮小ができませんでした。
  • Format Graphダイアログでグラフ要素に色を変更とき、カラーピッカーでグレイスケール値を入力すると、背景色も同様に変更されてしまいました。
  • ‘Clear’ チェックボックスが使用できない為、オブジェクトをクリア/透過にできませんでした。
  • 新しいMacのForceTouchトラックパッドで、Prism画面左側のナビゲーションパネルを操作すると、非常に非常に反応が鈍かった。

EPS形式での エクポートの問題が解決されないことに注意してください。Yosemiteの早い時期のリリースでは、PrismはサイズゼロのEPSファイルをエクスポートし全く使い物になりませんでしたが、 Appleは、Yosemiteのアップデートでこの問題を解決しました。

それ以前のOSXのバージョンで確認されたバグの修正

  • グラフの設定に関係なく、生存曲線やXYプロットで点の一つがプロット領域から外れていると 、点と点(および、階段)を結ぶ線が正しく表示されませんでした
  • X軸の範囲がゼロより大きい値から始まるとき、生存曲線の最初の区分が表示されませんでした。
  • 6.0dおよびそれ以前のバージョンで、シンボルやバーの境界の色を個々に指定し保存しても、再度ファイルを開くと設定は無効になっていました。
  • Magicツールを使用しているとき、Prismはときどきクラッシュしました。
  • Y軸の範囲がマイナスの値からプラスの値までのとき、ポイントと棒の両方描画するとグラフのベースラインはゼロではなくYminの値となりました。
  • 2つのオブジェクトを選んで位置合わせするとき、マウスや矢印キーによる微調整で移動することができませんでした。
  • Prismがフルスクリーンに拡大されているとき、描画メニューは、開いてもすぐ閉じてしまい、使用できませんでした。
  • Prism6.0eあるいはそれ以前のバージョンで、プロジェクトの開いたシンボルの境界の色が、黒色になっていました。
  • 対数Y軸を使用すると、XYデータの箱ひげ図は正しく表示されませんでした。
  • 大きなプロジェクトからシートを削除するとき、クラッシュすることがありました。
  • 「scatter plot with bars」グラフを選択し、更に対数Y軸を選択すると、バーは正しく描画されませんでした。
  • ナビゲーターでリンクしているシートの名称が正しく太字にされない場合がありました。
  • アクティベーションのシステムが改善されました。

0107 OSX 10.10 Yosemite でのPrism 6 デモ版の利用について

OSX 10.10 YosemiteでPrism 6 デモ版をインストーし、実行しようとすると、ログインしたユーザーアカウントが管理者であるにも関わらず、「Prism requires admin rights the first time it runs, but not after that. You will need to log in as an administrator before you can run Prism.」 管理者権限が無い為実行できない、とするメッセージが出力される場合があります。

 Prism 6 デモ版が正常にインストールされた後、最初に起動すると次のダイアログが表示されます。

image001

 

“StartNow”ボタンをクリックすると管理者権限を持つユーザー名とパスワードの入力を促す以下のスクリーンショットのようなダイアログが表示されます。これは管理者権限を持つユーザーであっても、Yosemiteでは “/Library/Application Support” 以下のフォルダへのアクセス権限がデフォルトでは無い為です。

image004

 

正しい管理者権限ユーザー名とパスワードを入力すれば、Prism 6 デモ版はスタートします。しかし、”Cancel” ボタンをクリックしてしまうと以下のような警告ダイアログが出力されてしまいます。

 image006

 

Prism 6 デモ版のスタート時に、管理者名とパスワードの質問が出ないようにするには、管理者権限ユーザーでログインし、以下の3行のコマンドをターミナルから実行してください。

※Mac OSXについての十分な知識のない方は、十分に注意の上行ってください。

cd /Library/Application\ Support
sudo mkdir GraphPad
sudo chmod 777 GraphPad

0103 Prism 6による100%積み上げグラフの作り方

値の合計が100となる積み上げ棒グラフのことを、EXCELでは”100%積上げ縦棒”グラフと呼びます。

Prism 5でこのグラフを作成するには、いくつかのステップを踏む必要があり面倒なものでした。 しかしPrism 6からは、新たに加えられた「円プロット」[parts of whole]や「合計の割合」[Fraction of total]の機能を使うことで簡単に100%積み上げグラフを作成することが可能になりました。

Prism 6で、このグラフを作成するには2つの方法があります。

  • 円グラフの切り出し機能を利用して。多くの場合円グラフではデータの切り出し表示が行えますが、Prismでは縦あるいは横向きの積み上げグラフの作成が可能です。このプロットでは、Prismは軸を表示しないので、個々の部分のパーセントの表示を選択しなければ、数値のない塗りつぶしだけでの表示となります。 Prismの円グラフは、1つの列の値しかプロットできません。幾つかの異なる積み上げグラフが必要な場合、別々に作成しレイアウトで統合します。 
  • 積み上げ棒グラフとして。 1つのグラフで複数の積み上げを表示できるので、たいていの場合ことらの方が便利です。  予め、入力される値の合計が100になるようになっていれば、直接100%積み上げグラフにすることができます。値の合計が100にならない場合には、Prismで値を基準化することが可能ですが、基準化を行ってはいけません。そうではなく、「合計の割合」[Fraction of total]分析(Prism 6からの新機能)を使って、「以下の合計で各値を割る:行の合計」[Divide each value by its: Row total]を選択し、結果をパーセントで出力し、結果をプロットします。

      faq1944

このPrismファイルに、いくつかの作成例があります。

0101 Mac Keynote 6にグラフ(または、レイアウト)を送ることができない

この問題は、Keynote 6で確認された問題で、他のバージョンでは問題はありません。

PrismのSendボタン(と、コマンド)で、1クリックでKeynoteやPowerpointにグラフまたはレイアウトを送ることが出来ます。 KeynoteやPowerpointが起動していないときは、Prismはそれらのアプリを起動し、新しいスライドを作成し、Prismのグラフ背景と同じになるようにその背景を変更し、グラフやレイアウトを挿入します。

Keynote 6 は2013年10月にMavericksと同時にリリースされ、 PrismはKeynote 6 が起動していなくても、起動することは出来ますが、新しいスライドを自動的に作成したり、Sendボタン(と、コマンド)でグラフを挿入することはできません。

現在GraphPad社では原因を調査していますが、Prismでこの問題に対応できるか、あるいは、Appleから何かしらの対応があるかは不明です。

この問題を回避するには、手動で新しいスライドを作成し、グラフやレイアウトを一旦クリップボードへコピーしてから、Keynote 6へ貼り付けてください。 

0100 PrismのOSX 10.9(Mavericks)への対応について

Prism Mac 6.0dは、OSX 10.9 Mavericksに対応します。

弊社では、Prism 5.0d、6.0d 及び日本語ヘルプのインストールテストを行いましたが、すべて問題なくインストールを行えることを確認しております。

Prism 6d 以前のMac版Prism 6では、以下の問題の発生が確認されています:

  • 6.0cのデモ版は、動作しません。 「管理者権限がないため、Prismを開始することができません」というメッセージが出力されます。 たとえログインアカウントに実際には管理者権限があっても、このメッセージが出力されます。
  • プロジェクトを保存するとき、Mavericksの新しいファイルタグ機能は動作しません(が、エクスポートでは動作します)。
  • Prismはインストール時のユーザー(アカウントユーザー)しか使用できないようにインストールされます。他のユーザーは使用できません。 Prismが/Library/Application Support/GraphPadフォルダを作成出来ないことが、原因です。
  • ナビゲーターで、データテーブルかグラフ名称で右クリックするか、あるいは、それらのシート上で右クリックするとき、意味不明なメニューアイテム:”Show Info in Finder” , ”Reveal in Finder” と ”Open”が表示されます。

Mac版 Prism 5では詳細にテストは行われていませんが、上記の幾つかの問題はPrism 5でも発生する可能性があります。

 

 

0097 バグ:Prism 6.02と6.0cでのWilcoxonの符号付順位検定(Wilcoxon signed-rank test)

Wilcoxonの符号付順位検定は、列の統計(column statistics)分析の一部です。理論値と中央値を比較するオプションをチェックし、ノンパラメトリック検定を行います。

Prism 6.02と6.0cで、重大なバグが見つかりました。
Wilcoxonの符号付順位検定では、常にP < 0.0001と出力されます。

このバグは6.00、6.0a、6.01、6.0bにはありません、6.03と6.0dにでフィックスされます。

関連したWilcoxon符号付順位和検定( Wilcoxon matched pairs test)では問題はありません。

このバグは、列の統計の一部である符号付順位検定だけで生じます。

0096 Prism5/Prism6を使用していますが、Prism4で使用していた数式が見つかりません。Prism4にあった数式は使えないのですか?

Prism5から、非線形回帰に使用される数式が全面的に刷新されました。以前に使用された数式は、Prism 5 以降では “Classic equations from prior versions of Prism” として分類されています。Prism 4で使用された数式とPrism 5以降で使用される数式の対応は下記の通りです。

新旧の数式の対応:

Prism 4 以前

Prism 5以後で使用される相当する数式

旧数式名

新しい数式カテゴリー

新数式名

One-site binding (hyperbola)

結合 – 飽和 (Binding Saturation)

1サイト – 特異的結合 (One site — Specific Binding)

Two-site binding

結合 – 飽和 (Binding Saturation)

2サイト – 特異的結合 (Two sites — Specific Binding)

Sigmoidal dose-response

用量反応 – 刺激 (Dose-response – Stimulation)

log(agonist) vs. 反応 (log(agonist) vs. response (three parameter))

Sigmoidal dose-response (variable slope)

用量反応 – 刺激 (Dose-response – Stimulation)

log(agonist) vs. 反応 – 可変傾斜 (log(agonist) vs. response – Variable slope (four parameter))

One site competition

結合 – 競合 (Binding – Competitive)

1サイト – logIC50フィット (One site – Fit logIC50)

Two site competition

結合 – 競合 (Binding – Competitive)

2サイト – logIC50フィット (Two sites – Fit logIC50)

Boltzmann sigmoidal

———- (対応する新しい数式はありません) ———-

One phase exponential decay

指数 (Exponential)

1フェーズ減衰 (One phase decay)

Two phase exponenetial decay

指数 (Exponential)

2フェーズ減衰 (Two phase decay)

Exponential growth

指数 (Exponential)

指数的成長 (Exponential growth equation)

Power Series

———- (対応する新しい数式はありません) ———-

Polynomial (種々の)

多項式 (Polynomial)

対応する種々の式

Sine wave

サイン曲線 (Sine waves)

標準サイン曲線 (Standard sine wave)

Gaussian

ガウス (Gaussian)

ガウス分布 (Gaussian)

 

0094 生存分析で同じ時間で発生した複数のイベント/打切りを定義する

 

Prismの生存分析で、同じ時間で発生した複数のイベントを定義する方法はとても簡単です。

発生したイベントの数だけ、Xに同じ時間を設定しイベントの発生(デフォルトでは、1)を入力します。

以下の図は、150日の時点で対象が2件打ち切られ、46日の時点で3件のイベントが発生したデータの入力例です。

Prismの生存分析では、Xはシーケンシャルに入力される必要はありません。

同じ時間で複数のイベント/打切りが発生した場合も、データはバラバラに入力/定義されていても問題ありません。

以上

0086 「開発元が未確認のため開けません」 とメッセージが表示され、インストールできないのですが。【Mac】

Mac OS X 10.8 から導入された Gatekeeper により、実行ファイルの開発元が確認されるようになりました。Gatekeeper  は Mac App Store 以外からダウンロードされたアプリケーションや、アップルが認証した証明書でサインされていないアプリケーションの実行をブロックする機能です。

Prism5.0d以前のバージョンは Apple 社の Developer ID による署名が行われていないため、警告(「<ファイル名>は、開発元が未確認のため開けません。」)が表示されます。そのため、Prism5を起動する際に、アプリケーションの実行許可設定を変更する必要があります。下記のように設定を変更下さい。

1. アップルメニューからシステム環境設定を選択し、セキュリティとプライバシーを選択します。

2. 一般タブの「ダウンロードしたアプリケーションの実行許可」項目にある「アプリケーションを許可」を選択します。

3. システム環境設定を閉じ、Prism5を起動/インストールします。

ご注意下さい
設定を変更すると、マルウェアの脅威に対するリスクが生じます。インストール完了後は、セキュリティーとプライバシーの設定を「Mac App Storeと確認済みの開発元からのアプリケーションを許可」に戻して下さい。

0079 Prism for Mac(デモ版を含む)をダウンロードしましたが、インストールできません。【Mac】

InstallPrims6Demo.dmgファイルをクリックするとInstallPrism6ダイアログが表示されます。このダイアログのPrism6 TrialのアイコンをクリックしてもPrismは起動せず、エラーメッセージが返されます。Applicationsフォルダーにドラッグ&ドロップし、インストール下さいますようお願い致します。