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0164 Prism 10.2.0 リリースノートサマリー (2024/0209)

詳細は、このGraphPad社ページでご確認ください。

Prism 10.2.0 は 2024 年 2 月 8 日 (米国時間)にリリースされました。

Prism 10.2.0の主な新機能:

  • macOS のダークモード: Prism は、スタイリッシュなダーク テーマでデザインを見直したダイアログ、ツールバー、テーブル要素によるダーク モードのシステム設定を採用します。
  • コンパクトレター表示 (CLD): 統計的に有意差があるグループを示すためにアスタリスクの代わりに文字を使用することで、ペアごとの比較を表示しながら、グラフ上の混乱を軽減します。
  • カラースキームメニューの再設計: メニュー内で各カラースキームの色を直接表示し、最近使用した配色にすばやくアクセスし、ユーザー定義のカラースキームを見ることができます。
  • 新しい Prism Cloud 管理: Prism Cloud アカウントにすぐにサインインし、簡素化されたより直感的な管理で作業の公開を開始できます。

macOS のダークモード

ダークモードを Prism に導入します! 目の疲れを軽減し、様々なインタラクションを向上させるスマートなダークデザインで、完全にリフレッシュされた視覚体験をお楽しみください。 このスタイリッシュな新しいデザインは、作業環境にあわせてデバイス上でダークモードが可能にされるとき自動的に可能になります。

コンパクトレター表示 (CLD)

多くの1-wayと2-way ANOVA分析では、各々のグループ平均値とすべての他のグループ平均値を比較する多重比較の実行を伴います。 対象となるグループの数によっては、多くの個々の比較が行われる可能性があります。 これらの比較の全てを大カッコとアスタリスクでグラフの上で要約することは結局多くのスペースを必要とし、結果の解釈を困難にします。

コンパクトレター表示(CLD)は、そのグループに関係するすべての比較を評価するために使用でき、各グループに割り当てられた一連の文字に置き換えることで、この問題に対処します。 基本的に、いずれかの2つのグループが文字を共有する場合、これらの2つのグループ間の比較は統計的に有意でないことことが分かります。 いずれかの2つのグループが文字を共有しない場合、これらの2つのグループ間の比較は統計的に有意であることが分かります。

グラフへのCLDの追加は、以下の2つの方法のいずれかで分析されたデータについて利用可能です:

  • 1-way ANOVAに続く多重比較検定で、「各列の平均をその他の列の平均で比較する」[Compare the mean of each column with the mean of every other column]
  • 2-way ANOVA続く多重比較検定で、「行と列に関係なくセル平均を比較する」[Compare cell means regardless of rows and columns]

カラースキームメニューの再設計

グラフに色彩を適用することは、結果を強調し、ビジュアルが希望通りに見えるようにするための最良の方法の 1 つです。 したがって、色彩の選択に、何らかの推測を含めるべきでありません。 Prism 10.2.0では、カラースキームメニューのデザインをアップデート、グラフに適用される塗りつぶしや枠線の色のプレビューを含めました。 連続カラーマップを持つによるグラフについては、使用可能なカラー スキームには、使用されるグラデーション マップも表示されます。

さらに、「最近使用したカラースキーム」[Recently used]と「ユーザー定義のカラースキーム」[User Defined] セクションも追加され、素早くお気に入りのカラーオプションにアクセスすることができるようになりました。より自信を持って色を選択し、グラフに希望する正確な外観を与えることができるようになりました。

新しい Prism Cloud 管理

より簡単にサインインし、Prism Cloudを開始できるようになりました。 管理の改善により、プロジェクトの公開、公開された作業の共有、Prism Cloud ワークスペースの探索、または単に Prism Cloud が提供するものについての詳細を学ぶことでも、がより簡単になりました。

改善された機能

  • ツールバーで、Prism Cloud コマンドの UI/UX をアップデート
  • カラースキーム・メニューへ多数の変更を実装:
    • 各々のカラースキームへ、プレビュー・カラーパレットを追加
    • ヒートマップに、ヴィリディス、マグマ、プラズマ、インフェルノのグラデーションカラーを追加
    • カラースキームメニューに、”最近使用したカラースキーム/Recently used”と”ユーザー定義のカラースキーム/User Defined” を追加
  • 「選択と変換」[Select and transform]分析で、使用可能な関数のセットに SUM および COUNT 変換を追加
  • ツリー ビューと選択された比較カウンターを追加し、1-way ANOVA および ネスト ANOVA 分析で、予め選択された列のペアを複数比較するための 「比較」[Compare]サブ ダイアログのデザインを改善
  • ”比較の形式” ダイアログの「グラフの比較」[Comparisons on Graph]タブに水平スクロールバーを追加
  • Y軸のスケールが “log 10”, “log 2”, the “真数/Antilog”で、最小範囲が > 1 のとき、「軸のフォーマット」[Format Axes] ダイアログの 「小数点以下桁数」[Decimals]オプションが利用可能
  • 「ナビゲーター」[Navigator ]コマンドに”パネル 左/left panel” を追加し、「インスペクター」[Inspector] コマンドに ”パネル 右/right panel”を追加
  • ”設定/Preferences/Settings” ダイアログの”サービス/Services”タブで、カスタマーサポートのリンクをアップデート
  • ようこそ/Welcome ダイアログで、多変量データのプレビューをグラフ例を含むようにアップデート
  • (Mac) Layout シートの上で、”Center everything on the page” コマンドが利用可能になりました

パフォーマンス

  • TXT、CSV、および XML 形式の大きなデータ範囲 (グループプロット/Grouped データ 104x52x1800) を Prism のデータ テーブルにインポートするパフォーマンスが向上し、Prism 10.2 は以前のバージョンの Prism 10 よりも高速になりました。
  • 膨大な量のデータによる相関分析の計算性能が向上し、Prism 10 は Prism 9 より顕著に早くなりました。
  • 変更されたデータ テーブルからリンクしたグラフと結果 (線形回帰、相関、外れ値検出、記述統計) への切り替えのパフォーマンスが向上しました。
  • 大量のデータ (~200000x10x5) を含むプロジェクトの保存で、PZFX 形式を使用する以前のバージョンと比較し、PRISM 形式による保存パフォーマンスが向上しました。
  • (Windows) 大量のデータによる線形回帰分析の計算のパフォーマンスが改善され Prism 10 が Prism 9 よりわずかですが早くなりました。
  • (Windows) たくさんのグラフが含まれるレイアウトをクリップボードにコピーするパフォーマンスが向上し、Prism 10 は Prism 9 よりも顕著に早くなりました。
  • (Windows) 多変量グラフ上でテキストの移動やオブジェクトの描画を行うと長い遅延が発生する問題を修正しました。
  • (Windows) 大量のデータ (15×1600) をレンダリングするグループプロットグラフへの切替えのパフォーマンスが向上し、Prism 10 は Prism 9 よりも数倍高速になりました。
  • (Windows) Microsoft Excel ドキュメントから広範囲のデータ (1024x16x500) をコピーし、Prism のデータ テーブルへのリンク貼付けするパフォーマンスが向上し、Prism 10 は Prism 9 の 2 倍早くになりました。
  • (Mac) たくさんのシートを持つプロジェクトで、 “Duplicate Family” 操作のパフォーマンスを向上させました。

0135 Prism8で利用できる統計解析機能にはどのようなものがありますか?

GraphPad Prism9で利用可能な統計解析機能はこちら

GraphPad Prism 8 での統計解析機能は下記の通りです。赤太字のものが新機能となります。


XY分析

  • 線形回帰
  • 非線形回帰
  • 3次スプライン&LOWESS曲線
  • スムージング曲線
  • 曲線下面積(Area Under Curve)
  • デミング(Deming)回帰分析
  • Row means with SD or SEM
  • 相関分析
  • 標準曲線の内挿
  • 非線形回帰と多重回帰の両方でポアソン残差の予測を指定できるようになりました。
  • Pade(1,1)の近似式、成長方程式、線形二次方程式、ヒンジ関数
  • 外れ値の削除を選択した場合、外れ値のない”クリーンな”データを含む結果テーブルを作成することができます。

カラム分析

  • t検定
    • 対応のないt検定
      ・マンホイットニー(Mann-Whitney)検定
      ・ コルモゴロフ-スミルノフ
      (Kolmogorov-Smirnov)検定
    • 対応のある t検定
      ・ウィルコクソン符号順位(Wilcoxon) 検定
      ・比率によるt検定
    • 平均値間の差についての信頼区間のプロットが可能になりました。
  • 一元配置分散分析(One-Way ANOVA)
    • ボンフェローニ(Bonferroni)検定
    • ダン(Dunns)検定
    • ダネット(Dunnett)検定
    • フリードマン(Friedman)検定
    • ホルム-シダック(Holm-Sidak)検定
    • クルスカルウォリス(Kruskal-Wallis) 検定
    • ニューマン-クールズ(Newman-Keuls)検定
    • テューキー(Tukey)検定
    • バートレット(Bartlette)検定
    • ブラウン-フォーサイス
      (Browne-Forsythe) 検定
  • ROC曲線
  • ブランド-アルトマン(Bland-Altman)検定
  • 相関

生存分析

  • カプランマイヤー(Kaplan-Meier) 法
  • ログランク(Log-rank)検定
  • ウィルコクソン(Gehan-Wilcoxon)検定

グループ分析

  • 二元配置分散分析(Two-way ANOVA)
    • 欠測値を持つ繰り返し測定データの取り扱いが可能になりました。
    • 複合効果モデルをフィットすることにより繰返し測定データを分析が可能になりました
    • Geisser-Greenhouse補正が可能になりました。
  • 三元配置分散分析(Three-way ANOVA)
    •  繰返し測定3-way ANOVAが可能になりました。
    • Geisser-Greenhouse補正が可能になりました。
    • ボンフェローニ(Bonferroni)検定
    • フィッシャー(Fisher) の最小有意差検定
    • ホルム-シダック(Holm-Sidak)検定
    • ニューマン-クールズ(Newman-Keuls)検定
    • テューキー(Tukey)検定
  • 多重t検定
    • 多重t検定分析で、自動的にvolcano プロット(差 vs. P 値)を作成します。

分割表分析

  • フィッシャー(Fisher) の正確確率検定
  • カイ二乗(Chi-Sqare)検定
    • アーミテージ-コクラン(Armitage-Cochrange)検定

重回帰

  • Prism 8は、多変量のための新しい種類のデータテーブルを提供します。
  • 多重線形回帰

ネストt検定とネスト1-way ANOVA

  • Prism 8では、ネストデータのための新しい種類のデータテーブルが提供されました。

その他

  • 列の統計
    • コルモゴロフ-スミルノフ(Kolmogorov-Smirnov)検定
    • ダゴスティーノ・パーソン(D’Agostino-Pearson)検定
    • シャピロ-ウィルク(Shapiro-Wilk)検定
  • モンテカルロ分析
  • 正規性検定で、Anderson-Darling 検定が追加されました。
  • 対数正規性の検定が可能になりました。
  • 正規性検定の一部としてQQプロットの作成が可能なりました。
  • ほとんどの分析で残差プロットが標準で作成可能になりました。

利用できない統計・解析

GraphPad Prismでは次の統計解析機能を備えておりません.

•多変量解析:多変量解析に関しては、「FAQ0018 Prismで多変量解析はできるのでしょうか?」をご参照下さい。
•ハザード回帰
•ロジスティック回帰
•因子分析
•クラスター分析
•メタ分析
•多変量分散分析(MANOVA)Cochran-Mantel Haenszel検定
• Cochran-Mantel Haenszel検定
•共分散(ANCOVA):2つの線形回帰直線の勾配と切片を比較することは可能です。
•ヨンクヒール-タプストラ(Jonckheere-Terpstra)検定
•スティール-ドゥワス(Steel-Dwass)検定:Prismでノンパラメトリック検定の多重比較をする場合、Dunn検定を用いることが可能です。
•スティール(Steel)検定:Prismでノンパラメトリック検定の多重比較をする場合、Dunn検定を用いることが可能です。
•マクネマー(McNemar)検定:GraphPad Software社が提供するQuickCalcsで行なうことが可能です。

0116 Prism7で利用できる統計解析機能にはどのようなものがありますか?

GraphPad Prism7統計解析機能は下記の通りです。


XY分析

  • 線形回帰
  • 非線形回帰
  • 3次スプライン&LOWESS曲線
  • スムージング曲線
  • 曲線下面積(Area Under Curve)
  • デミング(Deming)回帰分析
  • Row means with SD or SEM
  • 相関分析
  • 標準曲線の内挿

カラム分析

  • t検定
    • 対応のないt検定
      ・マンホイットニー(Mann-Whitney)検定
      ・ コルモゴロフ-スミルノフ
      (Kolmogorov-Smirnov)検定
    • 対応のある t検定
      ・ウィルコクソン符号順位(Wilcoxon) 検定
      ・比率によるt検定
  • 一元配置分散分析(One-Way ANOVA)
    • ボンフェローニ(Bonferroni)検定
    • ダン(Dunns)検定
    • ダネット(Dunnett)検定
    • フリードマン(Friedman)検定
    • ホルム-シダック(Holm-Sidak)検定
    • クルスカルウォリス(Kruskal-Wallis) 検定
    • ニューマン-クールズ(Newman-Keuls)検定
    • テューキー(Tukey)検定
    • バートレット(Bartlette)検定
    • ブラウン-フォーサイス
      (Browne-Forsythe) 検定
  • ROC曲線
  • ブランド-アルトマン(Bland-Altman)検定
  • 相関

生存分析

  • カプランマイヤー(Kaplan-Meier) 法
  • ログランク(Log-rank)検定
  • ウィルコクソン(Gehan-Wilcoxon)検定

グループ分析

  • 二元配置分散分析(Two-way ANOVA)
  • 三元配置分散分析(Three-way ANOVA)
    • ボンフェローニ(Bonferroni)検定
    • フィッシャー(Fisher) の最小有意差検定
    • ホルム-シダック(Holm-Sidak)検定
    • ニューマン-クールズ(Newman-Keuls)検定
    • テューキー(Tukey)検定
  • 多重t検定

分割表分析

  • フィッシャー(Fisher) の正確確率検定
  • カイ二乗(Chi-Sqare)検定
    • アーミテージ-コクラン(Armitage-Cochrange)検定

その他

  • 列の統計
    • コルモゴロフ-スミルノフ(Kolmogorov-Smirnov)検定
    • ダゴスティーノ・パーソン(D’Agostino-Pearson)検定
    • シャピロ-ウィルク(Shapiro-Wilk)検定
  • モンテカルロ分析

利用できない統計・解析

GraphPad Prismでは次の統計解析機能を備えておりません.

•多変量解析:多変量解析に関しては、「FAQ0018 Prismで多変量解析はできるのでしょうか?」をご参照下さい。
•重回帰:状況によっては、カラム定数を使うことにより、独立変数が 2 つあるモデルをフィッティングさせるのと実質的に同じことが可能です。
•ハザード回帰
•ロジスティック回帰
•因子分析
•クラスター分析
•メタ分析
•多変量分散分析(MANOVA)Cochran-Mantel Haenszel検定
• Cochran-Mantel Haenszel検定
•共分散(ANCOVA):2つの線形回帰直線の勾配と切片を比較することは可能です。
•ヨンクヒール-タプストラ(Jonckheere-Terpstra)検定
•スティール-ドゥワス(Steel-Dwass)検定:Prismでノンパラメトリック検定の多重比較をする場合、Dunn検定を用いることが可能です。
•スティール(Steel)検定:Prismでノンパラメトリック検定の多重比較をする場合、Dunn検定を用いることが可能です。
•マクネマー(McNemar)検定:GraphPad Software社が提供するQuickCalcsで行なうことが可能です。

0097 バグ:Prism 6.02と6.0cでのWilcoxonの符号付順位検定(Wilcoxon signed-rank test)

Wilcoxonの符号付順位検定は、列の統計(column statistics)分析の一部です。理論値と中央値を比較するオプションをチェックし、ノンパラメトリック検定を行います。

Prism 6.02と6.0cで、重大なバグが見つかりました。
Wilcoxonの符号付順位検定では、常にP < 0.0001と出力されます。

このバグは6.00、6.0a、6.01、6.0bにはありません、6.03と6.0dにでフィックスされます。

関連したWilcoxon符号付順位和検定( Wilcoxon matched pairs test)では問題はありません。

このバグは、列の統計の一部である符号付順位検定だけで生じます。

0094 生存分析で同じ時間で発生した複数のイベント/打切りを定義する

 

Prismの生存分析で、同じ時間で発生した複数のイベントを定義する方法はとても簡単です。

発生したイベントの数だけ、Xに同じ時間を設定しイベントの発生(デフォルトでは、1)を入力します。

以下の図は、150日の時点で対象が2件打ち切られ、46日の時点で3件のイベントが発生したデータの入力例です。

Prismの生存分析では、Xはシーケンシャルに入力される必要はありません。

同じ時間で複数のイベント/打切りが発生した場合も、データはバラバラに入力/定義されていても問題ありません。

以上

0068 生存時間ゼロでのイベントを考慮した生存分析について

Prismでは、基本的に生存時間がゼロ、或いはマイナスでのイベントを考慮した生存分析は出来ません。
これは、モデルと分析の妥当性について、十分に検証が行われている とは言い難いとGraphPad社は判断しているためです。
よって厳密にはPrismで、生存時間ゼロに於けるイベントを考慮した生存分析を行うことは出来ませんが、代価的に、生存時間ゼロ(0)を他の時間の値(X値)よりも十分に小さい値(例:0.000001など)にすることで、イベントを考慮した生存分析を行うことを提案されています。

0067 生存分析の入力データと結果について

Prismの生存分析では、時間 (X値)が 0(ゼロ)或いは負の時間のイベント(Y値)はデータとして無視されます。

 

 

[データサマリー]-[解析不可データ行数]/[Data summary]-[#rows with impposible data]の項目で表示される数値は、計算に利用されなかった(無視された)データの個数です。

0065 Prismでの数値の取扱いについて

Prismでの数値取扱い形式は何ですか?
Prismでは、内部の格納に単精度浮動小数点形式を用います。
入力データ、計算結果も全て単精度浮動小数点形式となります。

Prismの計算精度について教えてください。
Prismでは計算は常に倍精度で行われ、有効桁数は7桁(場合によって6桁)です。

データ・シートで表示される数値で計算が行われるのですか?
Prismの計算では、全て単精度浮動小数点形式で格納されたデータが使用されます。
格納される数値と表示される数値は、必ずしも同じではありません。
また、データ・シートで表示される桁数の数値が使用されることはありません。
但し、単精度浮動小数点形式で取扱い可能な範囲を超えるような数値は入力できません。
この場合、データの単位系を変えるなどの変更が必要です。

データ・シートでの数値の表示で行われる数値のまるめはどのように行われているのですか?
Prismの内部のまるめには、Windows版では、C関数「sprintf()」が使用されています。

非線形回帰分析での結果数値の表示桁数とまるめを変更したいのですが。
数式選択のダイアログで、数式を選択し「出力」タブの「出力の桁数」で変更できます。
まるめについては、ユーザーが指定することはできません。

0062 マクネマー(McNemar)検定について

InstatおよびPrismでは、McNemar検定を行うことは出来ません。

GraphPad社では、McNemar検定が必要なユーザーのために、自社WebサイトのQuickCalcsで計算機能を提供してしています。

1) 下記URLのQuick Calcsにデータを入力後、Calculateボタンをクリックします。
http://www.graphpad.com/quickcalcs/McNemar1.cfm

2) 結果として、P値およびオッズ比が算出されます。

QuickCalcs:
http://www.graphpad.com/quickcalcs/index.cfm

0052 PrismでDunnett法は利用可能ですか?

Prismでは一元配置ANOVA後の多重比較検定でDunnett法を選択可能です。
Prsimでは、一元配置ANOVAを用いて3つ以上のグループの比較を行った場合、さらにグループペア同士の比較を行うために事後テストを選択することができます。
しかしその選択はそれほど単純なものではなく、Prism開発元であるGraphpad Software社は、一つのカラムが制御データ(control data)を表し、他のカラムをその制御データとのみ対比させる場合にDunnett検定を推奨しています。
なおPrismにおけるDunnett検定による事後検定では、グループ数は21以下、かつ全自由度数は10,000以下の制限があります。